24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2895  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

byqmoney

铁虫 (小有名气)

[求助] 转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我 已有3人参与

前段时间我上传了转录组数据,raw data 和 processed data文件夹的内容 如下图,但是GEO回复邮件说是少传了一些数据,我现在不清楚我具体还需要上传什么?帮我看看还需要上传哪些,其中公司给我的数据的目录见后面的图。另外GEO给我的邮件我黏贴上来,哪位大侠帮帮我,小妹不甚感激啊。GEO的邮件内容:
Thank you for your recent submission to GEO. Before we can process your
submission there are some issues to address.

Please provide files containing *quantitative* data for your 4 samples. For
example:

   * raw counts for each transcript, and/or
   * normalized abundance measurements for each transcript, e.g., output from
Cufflinks, Cuffdiff, DESeq, edgeR, etc...

Either or both of these files may be provided. They may be formatted either as
a matrix table or 1 individual file for each sample. We are unable to accept
your submission without these files. Please submit your processed data files
only using the following FTP instructions:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html#data

If you have questions, or if we can be of any assistance, please do not
hesitate to contact us.

转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我
raw data


转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我-1
processed data


转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我-2
公司提供的所有数据


转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我-3
其中Assemble 文件夹中的Unigene 部分数据
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zly19912002

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主是做的高通量测序吗?我的原始数据传不上去始终,想请教下是什么问题。期待您的回复!
随遇而安
5楼2017-04-01 12:34:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

immense0301

新虫 (小有名气)

西门吹雪170: 应助指数-1, 无应助 2015-06-21 18:47:35
楼主最后解决了吗?同求解决方法
too young too simple
2楼2015-06-20 17:42:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

he龙行天下

木虫 (小有名气)

你可以给公司的技术打电话,让他们帮你看看,他们是专业的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-06-21 16:56:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxh86412

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

少了原始reads计数文件,一般为矩阵数据,就是所谓的series matrix文件
或是每个转录本标准化的表达数据(Cufflinks, Cuffdiff, DESeq, edgeR, etc.)
4楼2015-06-22 02:55:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600,材料与化工321分调剂 +8 大馋小子 2026-03-27 10/500 2026-04-02 10:15 by kaiyanjie
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分,求调剂 +7 是辰啊 2026-04-02 7/350 2026-04-02 10:09 by 不吃魚的貓
[考研] 385分 生物学(071000)求调剂 +5 qf626 2026-04-01 5/250 2026-04-02 09:46 by Jaylen.
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 292分,材料与化工,申请调剂 +19 程晴之 2026-04-01 21/1050 2026-04-02 09:34 by zhangln
[考研] 江苏科技大学招材料研究生 +4 Su032713. 2026-04-01 5/250 2026-04-01 22:03 by cccchenso
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +8 哇呼哼呼哼 2026-04-01 8/400 2026-04-01 21:41 by cal0306
[考研] 292求调剂 +17 木虫er12138 2026-04-01 17/850 2026-04-01 21:37 by 七度不信任
[考研] 一志愿同济大学323分(080500)求调剂 +4 yikeniu 2026-04-01 4/200 2026-04-01 14:06 by asdfzly
[考研] 336材料求调剂 +10 陈滢莹 2026-03-26 12/600 2026-03-31 17:59 by jp9609
[考研] 086000调剂 +5 7901117076 2026-03-26 5/250 2026-03-31 17:45 by 544594351
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
[考研] 一志愿西电085401数一英一299求调剂 六级521 +4 爱吃大鸭梨 2026-03-31 4/200 2026-03-31 11:51 by 搏击518
[有机交流] 甲基亚磺磺酸钠和甲基磺酸酯反应机理 10+3 kaobao456 2026-03-29 4/200 2026-03-30 23:16 by nBu锂
[考研] 085701环境工程求调剂 +11 多久上课 2026-03-27 12/600 2026-03-30 21:21 by 研究僧导导
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 342求调剂 +4 加油a李zs 2026-03-26 4/200 2026-03-30 16:39 by 晶体之美
[考研] 356求调剂 +3 gysy?s?a 2026-03-28 3/150 2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 本科新能源科学与工程,一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
信息提示
请填处理意见