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byqmoney

铁虫 (小有名气)

[求助] 转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我 已有3人参与

前段时间我上传了转录组数据,raw data 和 processed data文件夹的内容 如下图,但是GEO回复邮件说是少传了一些数据,我现在不清楚我具体还需要上传什么?帮我看看还需要上传哪些,其中公司给我的数据的目录见后面的图。另外GEO给我的邮件我黏贴上来,哪位大侠帮帮我,小妹不甚感激啊。GEO的邮件内容:
Thank you for your recent submission to GEO. Before we can process your
submission there are some issues to address.

Please provide files containing *quantitative* data for your 4 samples. For
example:

   * raw counts for each transcript, and/or
   * normalized abundance measurements for each transcript, e.g., output from
Cufflinks, Cuffdiff, DESeq, edgeR, etc...

Either or both of these files may be provided. They may be formatted either as
a matrix table or 1 individual file for each sample. We are unable to accept
your submission without these files. Please submit your processed data files
only using the following FTP instructions:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html#data

If you have questions, or if we can be of any assistance, please do not
hesitate to contact us.

转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我
raw data


转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我-1
processed data


转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我-2
公司提供的所有数据


转录组数据上传至GEO的问题,请会的大侠帮帮我-3
其中Assemble 文件夹中的Unigene 部分数据
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dxh86412

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

少了原始reads计数文件,一般为矩阵数据,就是所谓的series matrix文件
或是每个转录本标准化的表达数据(Cufflinks, Cuffdiff, DESeq, edgeR, etc.)
4楼2015-06-22 02:55:42
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immense0301

新虫 (小有名气)

西门吹雪170: 应助指数-1, 无应助 2015-06-21 18:47:35
楼主最后解决了吗?同求解决方法
too young too simple
2楼2015-06-20 17:42:41
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he龙行天下

木虫 (小有名气)

你可以给公司的技术打电话,让他们帮你看看,他们是专业的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-06-21 16:56:18
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zly19912002

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主是做的高通量测序吗?我的原始数据传不上去始终,想请教下是什么问题。期待您的回复!
随遇而安
5楼2017-04-01 12:34:01
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