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xixi1007

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于电荷密度计算的问题 已有1人参与

以NMA分子CH3CONHCH3为例，对这个分子进行几何优化和频率计算后，得到其平衡态结构坐标。将NH键长增加dr和减小dr后，得到两个新的结构坐标,分别得到两个结构下的电子密度ρ(dr)和ρ(-dr)，我想得到ρ(dr)-ρ(-dr)/2dr的图，具体应该怎么做呢。这种情况下两个结构的电子密度是用cubegen产生呢，还是用cube。得到两个cube文件后，将两个cube文件中的数据相减再除以2dr吗，如果是这样，之后应该怎样作图呢，得到的应该是类似以下图吧。感谢各位不吝赐教！

求助关于电荷密度计算的问题
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1楼 2015-03-26 15:14:40
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
改变了键长就改变了原子坐标，二者不能作电子密度差。
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2楼2015-03-26 15:27:43
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xixi1007

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-03-26 15:27:43
改变了键长就改变了原子坐标，二者不能作电子密度差。

那如果我想做ρ(dr)-ρ(-dr)/2dr的图，应该怎么办呢
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3楼2015-03-26 15:52:15
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xixi1007: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2015-03-27 08:47:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-03-26 15:52:15
那如果我想做ρ(dr)-ρ(-dr)/2dr的图，应该怎么办呢...

改变了原子坐标，二者作电子密度差是没有意义的，会得出错误的信息和结果。
实在想做，可以用分别求得的ρ(dr)和ρ(-dr)的两个cube文件，在multiwfn程序中进行cube运算：{ρ(dr)-ρ(-dr)}/2dr。
结果得到的还是一个cube文件，可以在GV中作图。
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4楼2015-03-26 21:23:23
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

为什么说改变了原子坐标，二者作电子密度差是没有意义的，这是因为原子坐标改变后，电子本身在密度差上就有很大的改变，再加上原子坐标改变引起了相互作用的电子密度改变，两种密度差叠加在一起，无法区分
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5楼2015-03-27 15:44:48
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

实在要作，而又不违反原则，可以这样做：
1、优化出CH3CONHCH3，作>N-H与>N和H的密度差。>N和H的坐标取>N-H中的。可以看到二者成键前后电子的变化。
2、改变N-H，增加键长dr，作此时>N-H与>N和H的密度差。>N和H的坐标取>N-H中的。可以看到二者键长增长前后电子的变化。
3、改变N-H，减少键长dr，作此时>N-H与>N和H的密度差。>N和H的坐标取>N-H中的。可以看到二者键长减少前后电子的变化。
比较这三者的图形，看NH键长增加dr和减小dr后电子密度差的变化。
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6楼2015-03-27 17:15:47
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xixi1007

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-03-27 17:15:47
实在要作，而又不违反原则，可以这样做：
1、优化出CH3CONHCH3，作>N-H与>N和H的密度差。>N和H的坐标取>N-H中的。可以看到二者成键前后电子的变化。
2、改变N-H，增加键长dr，作此时>N-H与>N和 ...

我刚做这个电荷密度，不是很懂，对multiwfn程序也不太了解。怎样做N-H，与N和H的密度差，是从优化后的结果中，单独取N-H，N，H的坐标，然后分别做这三部分的密度，之后相减吗。
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7楼2015-03-30 09:58:38
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xixi1007: 金币+10, 非常感谢您的帮助！ 2015-03-30 15:29:15
引用回帖:
7楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-03-30 09:58:38
我刚做这个电荷密度，不是很懂，对multiwfn程序也不太了解。怎样做N-H，与N和H的密度差，是从优化后的结果中，单独取N-H，N，H的坐标，然后分别做这三部分的密度，之后相减吗。...

是的。

>N-H与>N和H的密度相减。>N是包含其上所连基团的。
这三者都取>N-H中的坐标，进行计算，不可优化，加关键词nosymm，不让它作对称性分析，否则坐标又改变了。

最好是在计算时加关键词：0utput=wfn，要求输出wfn文件，这样在multiwfn中作密度差更方便。
详见：《使用Multiwfn作电子密度差图》
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3980314
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8楼2015-03-30 11:10:08
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