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求助关于电荷密度计算的问题 已有1人参与
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以NMA分子CH3CONHCH3为例，对这个分子进行几何优化和频率计算后，得到其平衡态结构坐标。将NH键长增加dr和减小dr后，得到两个新的结构坐标,分别得到两个结构下的电子密度ρ(dr)和ρ(-dr)，我想得到ρ(dr)-ρ(-dr)/2dr的图，具体应该怎么做呢。这种情况下两个结构的电子密度是用cubegen产生呢，还是用cube。得到两个cube文件后，将两个cube文件中的数据相减再除以2dr吗，如果是这样，之后应该怎样作图呢，得到的应该是类似以下图吧。感谢各位不吝赐教！ 2.JPG |
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【答案】应助回帖
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xixi1007: 金币+10, 非常感谢您的帮助！ 2015-03-30 15:29:15
xixi1007: 金币+10, 非常感谢您的帮助！ 2015-03-30 15:29:15
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是的。 >N-H与>N和H的密度相减。>N是包含其上所连基团的。 这三者都取>N-H中的坐标，进行计算，不可优化，加关键词nosymm，不让它作对称性分析，否则坐标又改变了。 最好是在计算时加关键词：0utput=wfn，要求输出wfn文件，这样在multiwfn中作密度差更方便。 详见：《使用Multiwfn作电子密度差图》 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3980314 |
8楼2015-03-30 11:10:08
