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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 氨基酸序列的稳定性分析
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linkv8

银虫 (正式写手)

[求助] 氨基酸序列的稳定性分析 已有3人参与

有两段氨基酸序列，需要预测一下稳定性，亲们，麻烦了
序列1：MPFFTGLLAIYHSLILDNPVQTLSTIVVLAAAYWLATLQPSDLPELNPAKPFEFTNRRRV
HEFVENSKSLLARGRELHGHEPYRLMSEWGSLIVLPPECADELRNDPRMDFETPTTDDSH
GYIPGFDALNADPNLTKVVTKYLTKALNKLTAPISHEASIAMKAVLGDDPDWREIYPARD
LLQLVARMSTRVFLGEEMCNNQDWIQTSSQYAALAFGVGDKLRIYPRMIRPIVHWFMPSC
WELRRSLRRCRQILTPYIHKRKSLKGTTDEQGKPLMFDDSIEWFERELGPNHDAVLKQVT
LSIVAIHTTSDLLLQAMSDLAQNPKVLQAVREEVVRVLSTEGLSKVSLHSLKLMDSALKE
SQRLRPTLLGSFRRQATNDIKLKSGFVIKKGTRVVIDSTHMWNPEYYTDPLQYDGYRYFN
KRQTPGEDKNALLVSTSANHMGFGHGVHACPGRFFASNEIKIALCHIILNYEWRLPDGFK
PQPLNIGMTYLADPNTRMLIRPRKAEIDMASLTV
序列2：WLATLQPSDLPELNPAKPFEFTNRRRVHEFVENSKSLLARGRELHGHEPYRLMSEWGSLIVLPPECADELRNDPRMDFETPTTDDSHGYIPGFDALNADPNLTKVVTKYLTKALNKLTAPISHEASIAMKAVLGDDPDWREIYPARDLLQLVARMSTRVFLGEEMCNNQDWIQTSSQYAALAFGVGDKLRIYPRMIRPIVHWFMPSCWELRRSLRRCRQILTPYIHKRKSLKGTTDEQGKPLMFDDSIEWFERELGPNHDAVLKQVTLSIVAIHTTSDLLLQAMSDLAQNPKVLQAVREEVVRVLSTEGLSKVSLHSLKLMDSALKESQRLRPTLLGSFRRQATNDIKLKSGFVIKKGTRVVIDSTHMWNPEYYTDPLQYDGYRYFNKRQTPGEDKNALLVSTSANHMGFGHGVHACPGRFFASNEIKIALCHIILNYEWRLPDGFKPQPLNIGMTYLADPNTRMLIRPRKAEIDMASLTV
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1楼 2015-03-24 20:06:31
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mataomatao

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-26 22:43:08
本帖内容被屏蔽
2楼2015-03-25 08:20:41
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
两个都不是膜蛋白
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
3楼2015-03-25 08:39:48
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nemo88

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linkv8: 金币+5 2015-03-25 22:00:55
本帖内容被屏蔽
4楼2015-03-25 09:02:28
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nemo88

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

linkv8
5楼2015-03-25 09:04:21
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linkv8

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mataomatao at 2015-03-25 08:20:41
先确定蛋白是膜蛋白还是可溶性蛋白，之后用软件预测二级结构；一般loop和无规部分不太稳定。。。。这些都是理论分析；具体蛋白需要规避一些降解；还是很稳定的

是细胞色素P450酶，膜蛋白
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6楼2015-03-25 21:58:31
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linkv8

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 18761615793 at 2015-03-25 08:39:48
两个都不是膜蛋白

都是膜蛋白了
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7楼2015-03-25 21:58:45
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linkv8

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nemo88 at 2015-03-25 09:02:28
Instability index:

The instability index (II) is computed to be 43.77
This classifies the protein as unstable.



Aliphatic index: 90.14

Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.300

没太看懂~
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8楼2015-03-25 21:59:17
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linkv8

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by nemo88 at 2015-03-25 09:04:21
第二个
Instability index:
The instability index (II) is computed to be 44.34
This classifies the protein as unstable.
Aliphatic index: 86.38
Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.404

只 ...

有没有软件网站介绍，具体点，我想把预测结果写到论文上，所以要自己讲得清楚。
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9楼2015-03-25 22:00:40
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by linkv8 at 2015-03-25 21:58:45
都是膜蛋白了

两个蛋白都没有跨膜区啊
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
10楼2015-03-26 09:09:12
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