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关于KEGG和GO的问题！
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KEGG Pathway Annotation和The most enriched pathway terms的区别是什么？分别是干什么用的？ 哪位高手知道，麻烦解答一下，在下被迫做了无参转录组，拿到数据之后一片茫然，不知如何分析，从何下手，请高手指点。 |
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2楼2015-03-24 20:24:14
xingzhou823
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两者区别很明显。 前者是功能注释，即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms，没有阀值的。 后者是功能富集，即基因集（多个基因）可能显著的集中在哪些功能上面，例如选择P<0.05.得到的结果都是显著性富集的pathway terms或者GO terms。 有兴趣的话可以看看中文的web-service工具“云生信”。http://www.biocloudservice.com。里面可以做类似的分析。 另外，如果还想做深入的分析，例如做成一篇有结论的结果，讲成一个story，可以到“云生信”【生物信息群】 424014618 交流学习。 |
3楼2015-03-25 08:52:54
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| GO和Pathway是分析的最基本的，接下来可以根据实验情况和需要可以选择做网络分析等等，向楼主推荐GCBI，http://www.gcbi.com.cn/gclib/html/index，操作简单易懂，能面对多种情况完成多种分析。 |
4楼2015-03-25 11:31:49
5楼2015-03-28 21:11:09
mlanqiang
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6楼2015-03-28 21:39:27
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