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东渐于海

银虫 (初入文坛)

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[交流] 关于KEGG和GO的问题！

KEGG Pathway Annotation和The most enriched pathway terms的区别是什么？分别是干什么用的？
哪位高手知道，麻烦解答一下，在下被迫做了无参转录组，拿到数据之后一片茫然，不知如何分析，从何下手，请高手指点。

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实践出真知

1楼 2015-03-24 19:59:16

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墨尔本机器

金虫 (小有名气)

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★
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无参转录组没什么问题吧，比对分析后的参考价值还是很大的，注意分析方法吧，从中选取有意思的一块内容，深挖一下

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5楼2015-03-28 21:11:09

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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

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东渐于海: 金币+5, 谢谢 2015-03-26 15:29:57

两者区别很明显。
前者是功能注释，即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms，没有阀值的。
后者是功能富集，即基因集（多个基因）可能显著的集中在哪些功能上面，例如选择P<0.05.得到的结果都是显著性富集的pathway terms或者GO terms。
有兴趣的话可以看看中文的web-service工具“云生信”。http://www.biocloudservice.com。里面可以做类似的分析。

另外，如果还想做深入的分析，例如做成一篇有结论的结果，讲成一个story，可以到“云生信”【生物信息群】 424014618 交流学习。

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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭

3楼2015-03-25 08:52:54

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