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东渐于海

银虫 (初入文坛)

[交流] 关于KEGG和GO的问题！

KEGG Pathway Annotation和The most enriched pathway terms的区别是什么？分别是干什么用的？
哪位高手知道，麻烦解答一下，在下被迫做了无参转录组，拿到数据之后一片茫然，不知如何分析，从何下手，请高手指点。
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实践出真知
1楼 2015-03-24 19:59:16
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匿名
本帖仅楼主可见
2楼2015-03-24 20:24:14
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠
★ ★ ★ ★ ★ ★
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东渐于海: 金币+5, 谢谢 2015-03-26 15:29:57
两者区别很明显。
前者是功能注释，即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms，没有阀值的。
后者是功能富集，即基因集（多个基因）可能显著的集中在哪些功能上面，例如选择P<0.05.得到的结果都是显著性富集的pathway terms或者GO terms。
有兴趣的话可以看看中文的web-service工具“云生信”。http://www.biocloudservice.com。里面可以做类似的分析。

另外，如果还想做深入的分析，例如做成一篇有结论的结果，讲成一个story，可以到“云生信”【生物信息群】 424014618 交流学习。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
3楼2015-03-25 08:52:54
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四月23

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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东渐于海: 金币+5, 谢谢 2015-03-26 15:30:17
GO和Pathway是分析的最基本的，接下来可以根据实验情况和需要可以选择做网络分析等等，向楼主推荐GCBI，http://www.gcbi.com.cn/gclib/html/index，操作简单易懂，能面对多种情况完成多种分析。
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哎，发现GCBI这个网站可以查找文献、基因、样本，竟然还能免费做数据分析！
4楼2015-03-25 11:31:49
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墨尔本机器

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
无参转录组没什么问题吧，比对分析后的参考价值还是很大的，注意分析方法吧，从中选取有意思的一块内容，深挖一下
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5楼2015-03-28 21:11:09
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士
blessing
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蓝精灵
6楼2015-03-28 21:39:27
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Ashleylyj

禁虫 (初入文坛)
★
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本帖内容被屏蔽
7楼2015-07-12 19:53:11
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四月23

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
7楼: Originally posted by Ashleylyj at 2015-07-12 19:53:11
你好，请问如果想发表全基因建库文章需要做那些功能分析啊？公司给我们地选择有：kegg,swissprot,go,nr和cog。求大神指教。...

请问你想要建一个什么样的库呢？可以再说的详细一点么？

[ 发自小木虫客户端 ]
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哎，发现GCBI这个网站可以查找文献、基因、样本，竟然还能免费做数据分析！
8楼2015-07-13 16:36:33
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Ashleylyj

禁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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9楼2015-07-20 16:38:42
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