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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】autodock如何分析dock结果
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foradun

[交流] 【求助】autodock如何分析dock结果

使用autodock4将配体和受体dock成功后，可以在adt中看到不同构象的配体与受体的结合方式，请问接下来要如何分析配体与受体的结合方式，如何提取出一个配体和受体结合的pdb文件，我使用summarize_results4.py命令没有成功，请教一下这个py脚本使用有什么需要注意的吗？谢谢各位大侠不吝赐教。

[ Last edited by foradun on 2008-6-25 at 13:58 ]
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1楼 2008-06-24 14:53:56
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chemozhang

木虫 (正式写手)
Analyze>>>conformations>>>play
在play界面中再进入set play option 面板中有write complex可以做到将小分子和蛋白输出为pdbq,pdbqt格式,在一般的视图软中可以转化为pdb,在ADT在中也可以做到
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故地如重游月圆更寂寞
11楼2008-07-02 10:56:56
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
同问！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-06-24 15:54:12
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foradun
顶一下
3楼2008-06-25 13:58:34
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
貌似这里做分子对接，基于结构药物设计的不多啊！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-06-25 18:56:33
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foradun

我再顶
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5楼2008-06-26 15:40:50
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foradun

不信没人理 顶顶顶
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6楼2008-06-27 15:33:22
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foradun

还真没人理哦
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7楼2008-06-28 20:29:57
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luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
我说个笨法子，用cat命令把受体和配体文件合为一个文件，再用三维软件看看就可以了。
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8楼2008-06-29 08:59:01
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
foradun,我做过一段时间的autodock，个人认为autodock的结果还要靠人的主观性判断多一些，就是要靠一些专业的知识。AUTODOCK最直接的结果是用MGLTOOLS来看，装上它之后就有autodock的工具栏，菜单最后一项有analysis的，其中有show conformation, load conformation, results cluster, show interactions等一些很有用的命令，你可以试一下，应该就是这样的直观的看的！

[ Last edited by gwdavid on 2008-6-29 at 10:27 ]
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9楼2008-06-29 10:25:49
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foradun

终于有人回了，好激动啊，首先说下7楼，这样是不行的，因为受体和配体文件的坐标是独立的，即使自己把配体移动到跟结合相似的位点，也是不准确的，autodock里结合的图像是最准的。另外回复下8楼，这些命令确实很有用，可以查看残基和配体结合的位点，可以看到力的大小，不过autodock只提供截图功能，我希望把它存为pdb或其它格式的文件，然后到vmd和chimera中处理，因为autodock提供的图像还是比较难看，我想能更随心所欲的处理dock结果，在autodock3.5中是有提取pdb这个命令的，不知怎的autodock4中就没了。非常感谢二位的回复。
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10楼2008-06-30 11:24:59
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