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foradun

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[交流] 【求助】autodock如何分析dock结果

使用autodock4将配体和受体dock成功后，可以在adt中看到不同构象的配体与受体的结合方式，请问接下来要如何分析配体与受体的结合方式，如何提取出一个配体和受体结合的pdb文件，我使用summarize_results4.py命令没有成功，请教一下这个py脚本使用有什么需要注意的吗？谢谢各位大侠不吝赐教。

[ Last edited by foradun on 2008-6-25 at 13:58 ]

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1楼2008-06-24 14:53:56

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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1

foradun,我做过一段时间的autodock，个人认为autodock的结果还要靠人的主观性判断多一些，就是要靠一些专业的知识。AUTODOCK最直接的结果是用MGLTOOLS来看，装上它之后就有autodock的工具栏，菜单最后一项有analysis的，其中有show conformation, load conformation, results cluster, show interactions等一些很有用的命令，你可以试一下，应该就是这样的直观的看的！

[ Last edited by gwdavid on 2008-6-29 at 10:27 ]