应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】autodock如何分析dock结果
131/2返回列表12下一页
查看: 1724  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

foradun

[交流] 【求助】autodock如何分析dock结果

使用autodock4将配体和受体dock成功后，可以在adt中看到不同构象的配体与受体的结合方式，请问接下来要如何分析配体与受体的结合方式，如何提取出一个配体和受体结合的pdb文件，我使用summarize_results4.py命令没有成功，请教一下这个py脚本使用有什么需要注意的吗？谢谢各位大侠不吝赐教。

[ Last edited by foradun on 2008-6-25 at 13:58 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢
1楼 2008-06-24 14:53:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

chemozhang

木虫 (正式写手)
Analyze>>>conformations>>>play
在play界面中再进入set play option 面板中有write complex可以做到将小分子和蛋白输出为pdbq,pdbqt格式,在一般的视图软中可以转化为pdb,在ADT在中也可以做到
赞一下(1人) 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
11楼2008-07-02 10:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
同问！
回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-06-24 15:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foradun
顶一下
3楼2008-06-25 13:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
貌似这里做分子对接，基于结构药物设计的不多啊！
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-06-25 18:56:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foradun

我再顶
回复此楼
5楼2008-06-26 15:40:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foradun

不信没人理 顶顶顶
赞一下 回复此楼
6楼2008-06-27 15:33:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foradun

还真没人理哦
回复此楼
7楼2008-06-28 20:29:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
我说个笨法子，用cat命令把受体和配体文件合为一个文件，再用三维软件看看就可以了。
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-06-29 08:59:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
foradun,我做过一段时间的autodock，个人认为autodock的结果还要靠人的主观性判断多一些，就是要靠一些专业的知识。AUTODOCK最直接的结果是用MGLTOOLS来看，装上它之后就有autodock的工具栏，菜单最后一项有analysis的，其中有show conformation, load conformation, results cluster, show interactions等一些很有用的命令，你可以试一下，应该就是这样的直观的看的！

[ Last edited by gwdavid on 2008-6-29 at 10:27 ]
赞一下(10人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
9楼2008-06-29 10:25:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foradun

终于有人回了，好激动啊，首先说下7楼，这样是不行的，因为受体和配体文件的坐标是独立的，即使自己把配体移动到跟结合相似的位点，也是不准确的，autodock里结合的图像是最准的。另外回复下8楼，这些命令确实很有用，可以查看残基和配体结合的位点，可以看到力的大小，不过autodock只提供截图功能，我希望把它存为pdb或其它格式的文件，然后到vmd和chimera中处理，因为autodock提供的图像还是比较难看，我想能更随心所欲的处理dock结果，在autodock3.5中是有提取pdb这个命令的，不知怎的autodock4中就没了。非常感谢二位的回复。
赞一下 回复此楼
10楼2008-06-30 11:24:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 foradun 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 332求调剂 +3 ydfyh 2026-03-17 3/150 2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭