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foradun

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[交流] 【求助】autodock如何分析dock结果

使用autodock4将配体和受体dock成功后，可以在adt中看到不同构象的配体与受体的结合方式，请问接下来要如何分析配体与受体的结合方式，如何提取出一个配体和受体结合的pdb文件，我使用summarize_results4.py命令没有成功，请教一下这个py脚本使用有什么需要注意的吗？谢谢各位大侠不吝赐教。

[ Last edited by foradun on 2008-6-25 at 13:58 ]

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1楼2008-06-24 14:53:56

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foradun

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终于有人回了，好激动啊，首先说下7楼，这样是不行的，因为受体和配体文件的坐标是独立的，即使自己把配体移动到跟结合相似的位点，也是不准确的，autodock里结合的图像是最准的。另外回复下8楼，这些命令确实很有用，可以查看残基和配体结合的位点，可以看到力的大小，不过autodock只提供截图功能，我希望把它存为pdb或其它格式的文件，然后到vmd和chimera中处理，因为autodock提供的图像还是比较难看，我想能更随心所欲的处理dock结果，在autodock3.5中是有提取pdb这个命令的，不知怎的autodock4中就没了。非常感谢二位的回复。