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foradun

[交流] 【求助】autodock如何分析dock结果

使用autodock4将配体和受体dock成功后,可以在adt中看到不同构象的配体与受体的结合方式,请问接下来要如何分析配体与受体的结合方式,如何提取出一个配体和受体结合的pdb文件,我使用summarize_results4.py命令没有成功,请教一下这个py脚本使用有什么需要注意的吗?谢谢各位大侠不吝赐教。

[ Last edited by foradun on 2008-6-25 at 13:58 ]
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foradun

终于有人回了,好激动啊,首先说下7楼,这样是不行的,因为受体和配体文件的坐标是独立的,即使自己把配体移动到跟结合相似的位点,也是不准确的,autodock里结合的图像是最准的。另外回复下8楼,这些命令确实很有用,可以查看残基和配体结合的位点,可以看到力的大小,不过autodock只提供截图功能,我希望把它存为pdb或其它格式的文件,然后到vmd和chimera中处理,因为autodock提供的图像还是比较难看,我想能更随心所欲的处理dock结果,在autodock3.5中是有提取pdb这个命令的,不知怎的autodock4中就没了。非常感谢二位的回复。
10楼2008-06-30 11:24:59
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

貌似这里做分子对接,基于结构药物设计的不多啊!
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-06-25 18:56:33
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foradun

不信没人理 顶顶顶
6楼2008-06-27 15:33:22
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foradun

还真没人理哦
7楼2008-06-28 20:29:57
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