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sassfras

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[求助] SSR聚丙烯酰胺凝胶分析

最近我在做樟科植物檫木的SSR分子标记(提取DNA的材料是7月分的檫木硅胶干燥叶片,DNA很难提取,提取效果不好),我的PCR体系为94度预变性3分钟、94度变性30秒、退火时间30秒、72度延伸30秒、72度延伸7分钟、35个循环、退火温度是按已有的文章相同的引物所设定的温度,物质浓度MgCl2:1,DNA模板:1.5,Taq:0.3,10*PCR BUffer:1.5,去离子水:7.7,dNTP:1,引物:2.我所用胶是8%的聚丙烯酰胺凝胶,电压180伏。但是,我经常跑胶要跑4个小时,而且出来的效果很不好,或则跑不出来,带经常还跑偏。求助各位大神给予指点。

SSR聚丙烯酰胺凝胶分析
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SSR聚丙烯酰胺凝胶分析-1
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wanglei8851

银虫 (小有名气)

刚开始做也这样,建议PCR扩增后先做个琼脂糖检测之后再做这个胶,确定是不是PCR的问题,不过从marker来看你的这个胶也不是很好,染色显色时间没把握好。
2楼2015-03-26 08:58:09
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sassfras

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引用回帖:
2楼: Originally posted by wanglei8851 at 2015-03-26 08:58:09
刚开始做也这样,建议PCR扩增后先做个琼脂糖检测之后再做这个胶,确定是不是PCR的问题,不过从marker来看你的这个胶也不是很好,染色显色时间没把握好。

谢谢你的解答,我用琼脂糖跑了,能出条带而且很清晰。PCR体系应该不是问题了,胶的话我不知到是不是我溶液没有配好,还是什么原因。
3楼2015-03-28 20:59:10
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