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iljosie

金虫 (小有名气)

[求助] MS如文献的建模问题

对于超高交联聚合物的建模,文献中是先将单体放入到盒子中,然后对盒子里的单体进行反应。和以往的进行build-build polymers-Homopolymer不一样。如图所示。请问这个功能在哪里实现?还是需要自己编程?
我已将单体放入到盒子中,但是接下来的步骤不知道怎么继续,求大神们指点。

MS如文献的建模问题
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
8楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-23 10:44:01
您好,请问可交联点连接起来-form bond过程是用哪个模块进行的?...

删除两个可交联的C上各一个H原子

可以手动画键连接起来;calculate bonds的自动成键或许也可以用,但是可能自己判断更好
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
9楼2015-01-23 10:58:30
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查看全部 16 个回答

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-23 10:55:01
iljosie(月只蓝代发): 金币+3 2015-01-23 10:55:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by iljosie at 2015-01-20 14:39:10
自己顶一个先

我的理解,这个流程图只是一个建模思路,一般的建模软件都可以适用,其中的判断步骤可以写程序也可以自己手动判断

我查了一些epoxy交联建模的文献
A Molecular Dynamics Study of Epoxy-Based Networks Cross-Linking Procedure and Prediction of Molecular and Material Properties 也有类似的流程图
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-01-21 14:19:30
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-23 10:54:06
iljosie(月只蓝代发): 金币+10, 感谢您的帮助! 2015-01-23 10:54:21
月只蓝: 金币+10, 感谢您对分子模拟版块的付出! 2015-01-23 10:54:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-21 14:19:30
我的理解,这个流程图只是一个建模思路,一般的建模软件都可以适用,其中的判断步骤可以写程序也可以自己手动判断

我查了一些epoxy交联建模的文献
A Molecular Dynamics Study of Epoxy-Based Networks Cross- ...

Atomistic molecular modelling of crosslinked epoxy resin
有一个可以参考的建模过程
思路是把反应单体处理为active结构
放到AC盒子里
动力学模块跑平衡-equilibration过程
观察可反应点间距是否在可交联范围-pair found过程(cutoff,好像一些文献会出4-10A)
可交联点连接起来-form bond过程
重复跑平衡——交联——平衡——交联过程

最后模型建好后需要模拟一些性能与实验数据比对

附件是一些文献 或许对你建模有帮助

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#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-01-21 14:30:46
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iljosie

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-21 14:30:46
Atomistic molecular modelling of crosslinked epoxy resin
有一个可以参考的建模过程
思路是把反应单体处理为active结构
放到AC盒子里
动力学模块跑平衡-equilibration过程
观察可反应点间距是否在可交联范 ...

非常感谢您的回答!这几篇文章对我非常有用,思路也清晰了。
但是我还是有几个地方想请教一下:
无论是其他文献还是湖南大学吴超富对环氧树脂的建模过程,它们里面都涉及到将单体处理为active结构。请问这个active怎么建立?例如,单体为二乙烯苯,其active结构如图所示,这个结构在MS中建立过程是怎样的?-CH-CH2-这个结构怎么表示?

再次感谢您!
MS如文献的建模问题-1
1.JPG

5楼2015-01-21 15:39:05
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