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唐玉婷22

铜虫 (小有名气)

[求助] VASP输出错误 已有1人参与

用VASP计算时，出现mpirun noticed that process rank 0 with PID 9551 on node node2 exited on signal 0 (Unknown signal 0).的错误，不知道是什么地方出错了，以及怎样修改错误，本人新手，请高手详细指点，感激不尽啊
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哈哈哈
1楼 2015-01-05 19:40:08
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
唐玉婷22: 金币+25, ★★★很有帮助 2015-05-11 18:01:05
有可能是内存限制的问题，你在.bashrc中加入：
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
这几行，source一下，再提交作业试试
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2楼2015-01-07 08:10:49
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唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-07 08:10:49
有可能是内存限制的问题，你在.bashrc中加入：
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
这几行，source一下，再提交作业试试

应该是内存的问题，out文件中说了8 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)是什么意思？可以帮我看看吗？（在附件中）
还有你说的在.bashrc中是在哪，source一下又是什么意思？不好意思，菜鸟一个，不懂太多，麻烦详细说一下，感激不尽。

http://kuai.xunlei.com/d/YbzAGAIrEgBaA61Udab
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哈哈哈
3楼2015-01-07 18:08:17
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
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3楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-07 18:08:17
应该是内存的问题，out文件中说了8 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)是什么意思？可以帮我看看吗？（在附件中）
还有你说的在.bashrc中是在哪，source一下又是什么意思？不好意思 ...

warming不用管，由于你计算体系的原子数都，建议在INCAR中加一行LREAL= Auto ，至于任务最后为什么被kill，还是认为是内存原因，因为你原子数比较多，而.bashrc是linux用来配置linux环境的，这个文件就在家目录下，刚刚登陆账号用ls -a就能看到这个文件，直接vi修改之就行。修改保存过后如果不想用source，退出来重新登录一次，就可以了，效果是一样的
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4楼2015-01-07 19:26:31
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唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-07 19:26:31
warming不用管，由于你计算体系的原子数都，建议在INCAR中加一行LREAL= Auto ，至于任务最后为什么被kill，还是认为是内存原因，因为你原子数比较多，而.bashrc是linux用来配置linux环境的，这个文件就在家目录下， ...

1.ulimit -c 改不了啊。。。有权限吧，可能。
2.请问一下这个又是什么问题？mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed).跟输入文件有关吗？还是VASP编译的问题？
3.如果内存不足应该怎么解决？
高手指点啊，拜托拜托。。。
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哈哈哈
5楼2015-01-10 11:39:56
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
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5楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-10 11:39:56
1.ulimit -c 改不了啊。。。有权限吧，可能。
2.请问一下这个又是什么问题？mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed).跟输入文件有关吗？还是VASP编译的问 ...

你问你师兄师姐吧，我认为我已经很具体地解释了这个问题，无法再具体了，要不你来长春找我来，哈哈
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6楼2015-01-10 13:28:40
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唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-10 13:28:40
你问你师兄师姐吧，我认为我已经很具体地解释了这个问题，无法再具体了，要不你来长春找我来，哈哈...

师兄师姐都不是做这方面的。老师也没能解决。。。
mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed)这个和最开始是一样的错吗，也是按你上面说的解决吗？
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7楼2015-01-10 13:45:53
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

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7楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-10 13:45:53
师兄师姐都不是做这方面的。老师也没能解决。。。
mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed)这个和最开始是一样的错吗，也是按你上面说的解决吗？...

我暂且认为是这样的，或者是因为一些数学库没有加载到环境变量中
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8楼2015-01-10 16:38:36
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唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-10 16:38:36
我暂且认为是这样的，或者是因为一些数学库没有加载到环境变量中...

可是做别的测试都可以正常算啊。是因为这个体系太大了，原子太多了吗？这样应该跟编译环境无关了吧？
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哈哈哈
9楼2015-01-12 09:34:48
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

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9楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-12 09:34:48
可是做别的测试都可以正常算啊。是因为这个体系太大了，原子太多了吗？这样应该跟编译环境无关了吧？...

有关系，编译里的Makefile文件会涉及内存分配的问题。小体系，需要的内存小；大体系，需要的内存多。但这个问题可以通过我以上的方法解决，不用重新编译。
还有就是，我不会再回答你的问题了
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10楼2015-01-12 12:35:39
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