应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » VASP输出错误
111/2返回列表12下一页
查看: 2268  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

唐玉婷22

铜虫 (小有名气)

[求助] VASP输出错误 已有1人参与

用VASP计算时，出现mpirun noticed that process rank 0 with PID 9551 on node node2 exited on signal 0 (Unknown signal 0).的错误，不知道是什么地方出错了，以及怎样修改错误，本人新手，请高手详细指点，感激不尽啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
哈哈哈
1楼 2015-01-05 19:40:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
唐玉婷22: 金币+25, ★★★很有帮助 2015-05-11 18:01:05
有可能是内存限制的问题，你在.bashrc中加入：
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
这几行，source一下，再提交作业试试
赞一下 回复此楼
2楼2015-01-07 08:10:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-07 08:10:49
有可能是内存限制的问题，你在.bashrc中加入：
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
这几行，source一下，再提交作业试试

应该是内存的问题，out文件中说了8 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)是什么意思？可以帮我看看吗？（在附件中）
还有你说的在.bashrc中是在哪，source一下又是什么意思？不好意思，菜鸟一个，不懂太多，麻烦详细说一下，感激不尽。

http://kuai.xunlei.com/d/YbzAGAIrEgBaA61Udab
赞一下 回复此楼
哈哈哈
3楼2015-01-07 18:08:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-07 18:08:17
应该是内存的问题，out文件中说了8 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)是什么意思？可以帮我看看吗？（在附件中）
还有你说的在.bashrc中是在哪，source一下又是什么意思？不好意思 ...

warming不用管，由于你计算体系的原子数都，建议在INCAR中加一行LREAL= Auto ，至于任务最后为什么被kill，还是认为是内存原因，因为你原子数比较多，而.bashrc是linux用来配置linux环境的，这个文件就在家目录下，刚刚登陆账号用ls -a就能看到这个文件，直接vi修改之就行。修改保存过后如果不想用source，退出来重新登录一次，就可以了，效果是一样的
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-07 19:26:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-07 19:26:31
warming不用管，由于你计算体系的原子数都，建议在INCAR中加一行LREAL= Auto ，至于任务最后为什么被kill，还是认为是内存原因，因为你原子数比较多，而.bashrc是linux用来配置linux环境的，这个文件就在家目录下， ...

1.ulimit -c 改不了啊。。。有权限吧，可能。
2.请问一下这个又是什么问题？mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed).跟输入文件有关吗？还是VASP编译的问题？
3.如果内存不足应该怎么解决？
高手指点啊，拜托拜托。。。
赞一下 回复此楼
哈哈哈
5楼2015-01-10 11:39:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-10 11:39:56
1.ulimit -c 改不了啊。。。有权限吧，可能。
2.请问一下这个又是什么问题？mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed).跟输入文件有关吗？还是VASP编译的问 ...

你问你师兄师姐吧，我认为我已经很具体地解释了这个问题，无法再具体了，要不你来长春找我来，哈哈
赞一下 回复此楼
6楼2015-01-10 13:28:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-10 13:28:40
你问你师兄师姐吧，我认为我已经很具体地解释了这个问题，无法再具体了，要不你来长春找我来，哈哈...

师兄师姐都不是做这方面的。老师也没能解决。。。
mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed)这个和最开始是一样的错吗，也是按你上面说的解决吗？
赞一下 回复此楼
哈哈哈
7楼2015-01-10 13:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
引用回帖:
7楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-10 13:45:53
师兄师姐都不是做这方面的。老师也没能解决。。。
mpirun noticed that process rank 1 with PID 13257 on node node2 exited on signal 9 (Killed)这个和最开始是一样的错吗，也是按你上面说的解决吗？...

我暂且认为是这样的，或者是因为一些数学库没有加载到环境变量中
赞一下 回复此楼
8楼2015-01-10 16:38:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐玉婷22

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-10 16:38:36
我暂且认为是这样的，或者是因为一些数学库没有加载到环境变量中...

可是做别的测试都可以正常算啊。是因为这个体系太大了，原子太多了吗？这样应该跟编译环境无关了吧？
赞一下 回复此楼
哈哈哈
9楼2015-01-12 09:34:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
引用回帖:
9楼: Originally posted by 唐玉婷22 at 2015-01-12 09:34:48
可是做别的测试都可以正常算啊。是因为这个体系太大了，原子太多了吗？这样应该跟编译环境无关了吧？...

有关系，编译里的Makefile文件会涉及内存分配的问题。小体系，需要的内存小；大体系，需要的内存多。但这个问题可以通过我以上的方法解决，不用重新编译。
还有就是，我不会再回答你的问题了
赞一下 回复此楼
10楼2015-01-12 12:35:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 唐玉婷22 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 297求调剂 +9 戏精丹丹丹 2026-03-17 9/450 2026-03-21 01:49 by JourneyLucky
[考研] 299求调剂 +4 shxchem 2026-03-20 5/250 2026-03-21 00:24 by 星空星月
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 323求调剂 +3 洼小桶 2026-03-18 3/150 2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 14/700 2026-03-20 09:30 by kkcoco25
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +9 一鸭鸭哟 2026-03-14 11/550 2026-03-19 17:22 by ！本暗一次！
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭！ 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭