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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如果做机器学习预测蛋白质功能位点的话，样本数量怎么定？
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忧郁的五花肉

新虫 (初入文坛)

[求助] 如果做机器学习预测蛋白质功能位点的话，样本数量怎么定？ 已有2人参与

现在正在用CD-hit给氨基酸序列做去冗余，不知道应该把cut-off值设到多少？而且不知是否需要多次去冗余（就是把第一次结果投进去二次去冗余，再把第二次结果做第三次……）？最后该留多少个样本比较合适？
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1楼 2014-12-31 12:07:47
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zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
忧郁的五花肉: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-03-12 10:36:22
本帖内容被屏蔽
2楼2015-01-02 19:54:03
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoxw303 at 2015-01-02 19:54:03
cut-off值设定可以参考已经发表的论文，一次去冗余就可以了，留多少样本得看你处理后得到的数据有多少。

交流一下哈~
CUT-OFF的确有的参考文献给出了，但是自己试验的时候毕竟很多时候跟参考文献的情况不是完全一致
所以个人感觉CUT-OFF更多的时候是不是其实是个经验值，甚至可能要根据自己的样本来摸索？
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3楼2015-01-03 00:01:18
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floriazeng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主可否传一份cd-hit给我啊，最近也要做，但从网上下载的软件包安装不了，可否告知详细安装步骤，跪谢!
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4楼2015-11-13 15:58:32
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