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共晶分子模拟
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近期在对一共晶分子模拟文献进行重现时遇到了许多问题，麻烦各位解答。谢谢！ 原文章为CL-20分子和TATB分子1：1合成共晶，然后对其进行分子动力学模拟。依照文献，首先建立A分子晶胞和2X2X1超晶胞，然后对超晶胞晶面切割，得到含有8个CL-20分子的晶面，建立真空层。然后用8个TATB分子替换真空层中8个CL-20分子。 问题： 1. 对超晶胞进行晶面切割并建立真空层后，其他分子去哪了？ 2. TATB分子替换CL-20分子后的真空层即为我需要的共晶模型（见图1）吗？ 3. 文献中说要建立CL-20分子中氧元素的径向分布函数，但是CL-20分子都已经被TATB分子替换了，无法对CL-20的氧元素进行edit set，文献中的图是怎么画出来的（见图2）？ 4. 共晶结合能。我对TATB分子替换CL-20分子后的真空层进行优化，得到的体系能量为682kcal/mol，单独的CL-20分子晶胞为-474kcal/mol，单独TATB分子为-543kcal/mol ，这样依据公式“结合能=E（共晶）-E（A）-E（B）得到的为一个正值。但是我看其他文献用上述公式应该为负值，这是怎么回事？是不是共晶体系做错了？  图1.png  图2.png |
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