24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3008  |  回复: 22

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致

最近向CCDC那边索要了一个ZIF-7的cif文件,但是在导入MS后发现结构与文献中的相差很大,而且有很多不合理的地方。一开始导入的时候结构中各个原子并没有成键,我用calculate bonds的功能让其成键,成键后发现里面有一些水分子存在,我将这部分原子删除后,又发现结构中的苯环和咪唑有问题,两个苯环或咪唑或者共用其中的两个原子,并呈一定角度,如下图所示。向大家请教一些,这种从CCDC中导入的结构应该怎么处理才能时其与文献报道的一致呢?
cif文件链接:
http://good.gd/2458964.htm
图片2.png
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : zif-7.cif
  • 2013-03-08 10:32:15, 14.48 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:14:26
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:18:08
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致?
2楼2013-03-08 16:39:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:12:19
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:17:58
试试用chemcraft或者gaussview
3楼2013-03-11 09:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ter20 at 2013-03-11 09:16:04
试试用chemcraft或者gaussview

我这边没有这两种软件,也没有用过。不知道你电脑里有没有,如果有的话,麻烦你帮我看下,我已经将cif文件上传到网盘了,谢谢
4楼2013-03-11 14:12:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:39:37
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致?

Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. [Zn(bim)2]·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。
5楼2013-03-11 14:14:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:14:20
Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. ·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。...

老外的呢? 老外模拟这个结构也是引用上述中国人的?
6楼2013-03-11 18:38:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:12:01
我这边没有这两种软件,也没有用过。不知道你电脑里有没有,如果有的话,麻烦你帮我看下,我已经将cif文件上传到网盘了,谢谢...

小木虫上这两种软件都有,你搜搜去下载就可以了,很简单,不用着急
7楼2013-03-12 10:56:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:14:20
Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. ·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。...

师弟,这个问题你解决了吗?
好好学习,天天向上。
8楼2013-03-16 18:37:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-03-16 18:37:35
师弟,这个问题你解决了吗?...

没有,你知道怎么弄吗?
9楼2013-03-16 20:41:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-16 20:41:12
没有,你知道怎么弄吗?...

我导入ZIF-8的时候也出现了同样的问题,强制make p1仍然不行。。
好好学习,天天向上。
10楼2013-03-16 20:43:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shiyiwenren 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料求调剂 +8 一样YWY 2026-04-05 8/400 2026-04-05 20:41 by 南航~万老师
[考研] 求调剂 +10 Hll胡 2026-04-04 10/500 2026-04-05 20:09 by nepu_uu
[考研] 材料专硕 调剂 +14 CXN123456 2026-04-03 14/700 2026-04-05 17:18 by Hdyxbekcb
[考研] 考研调剂 +3 mcbbc 2026-04-04 3/150 2026-04-05 10:03 by barlinike
[考研] 341求调剂 +3 学无止境,冲 2026-04-05 3/150 2026-04-05 09:40 by lbsjt
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +5 zyx上岸! 2026-04-04 5/250 2026-04-05 07:50 by 544594351
[考研] 一志愿北京2,材料与化工308求调剂 +10 熊二想上岸 2026-04-04 10/500 2026-04-05 05:20 by houyaoxu
[考研] 材料工程085601数二英一335求调剂 +6 双马尾痞老板2 2026-03-31 6/300 2026-04-04 22:29 by hemengdong
[考研] 333求调剂 +9 阿科逸 2026-03-31 9/450 2026-04-04 18:25 by macy2011
[考研] 求调剂,一志愿南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 求调剂,一志愿北京中医药大学 +3 小小达不溜 2026-04-02 3/150 2026-04-03 22:55 by 冲矢昴星团
[考研] 兽医调剂 +3 wh119216 2026-04-02 3/150 2026-04-03 19:34 by zrongyan
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:06 by arrow8852
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-04-02 3/150 2026-04-02 15:06 by cal0306
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 14:08 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 材料专硕322分 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 11/550 2026-04-02 10:52 by lnilvy
[考研] 环境工程调剂 +9 hyzzzzzzz. 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:20 by salamander`
[考研] 考研调剂求助 +7 13287130938 2026-03-31 7/350 2026-03-31 16:39 by 690616278
信息提示
请填处理意见