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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致

最近向CCDC那边索要了一个ZIF-7的cif文件,但是在导入MS后发现结构与文献中的相差很大,而且有很多不合理的地方。一开始导入的时候结构中各个原子并没有成键,我用calculate bonds的功能让其成键,成键后发现里面有一些水分子存在,我将这部分原子删除后,又发现结构中的苯环和咪唑有问题,两个苯环或咪唑或者共用其中的两个原子,并呈一定角度,如下图所示。向大家请教一些,这种从CCDC中导入的结构应该怎么处理才能时其与文献报道的一致呢?
cif文件链接:
http://good.gd/2458964.htm
图片2.png
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  • 2013-03-08 10:32:15, 14.48 K

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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:14:26
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:18:08
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致?
2楼2013-03-08 16:39:37
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:12:19
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:17:58
试试用chemcraft或者gaussview
3楼2013-03-11 09:16:04
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ter20 at 2013-03-11 09:16:04
试试用chemcraft或者gaussview

我这边没有这两种软件,也没有用过。不知道你电脑里有没有,如果有的话,麻烦你帮我看下,我已经将cif文件上传到网盘了,谢谢
4楼2013-03-11 14:12:01
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:39:37
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致?

Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. [Zn(bim)2]·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。
5楼2013-03-11 14:14:20
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:14:20
Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. ·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。...

老外的呢? 老外模拟这个结构也是引用上述中国人的?
6楼2013-03-11 18:38:22
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:12:01
我这边没有这两种软件,也没有用过。不知道你电脑里有没有,如果有的话,麻烦你帮我看下,我已经将cif文件上传到网盘了,谢谢...

小木虫上这两种软件都有,你搜搜去下载就可以了,很简单,不用着急
7楼2013-03-12 10:56:49
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zyj8119

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:14:20
Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. ·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。...

师弟,这个问题你解决了吗?
好好学习,天天向上。
8楼2013-03-16 18:37:35
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-03-16 18:37:35
师弟,这个问题你解决了吗?...

没有,你知道怎么弄吗?
9楼2013-03-16 20:41:12
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zyj8119

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-16 20:41:12
没有,你知道怎么弄吗?...

我导入ZIF-8的时候也出现了同样的问题,强制make p1仍然不行。。
好好学习,天天向上。
10楼2013-03-16 20:43:20
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