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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致

最近向CCDC那边索要了一个ZIF-7的cif文件，但是在导入MS后发现结构与文献中的相差很大，而且有很多不合理的地方。一开始导入的时候结构中各个原子并没有成键，我用calculate bonds的功能让其成键，成键后发现里面有一些水分子存在，我将这部分原子删除后，又发现结构中的苯环和咪唑有问题，两个苯环或咪唑或者共用其中的两个原子，并呈一定角度，如下图所示。向大家请教一些，这种从CCDC中导入的结构应该怎么处理才能时其与文献报道的一致呢？
cif文件链接：
http://good.gd/2458964.htm
图片2.png
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  • 附件 1 : zif-7.cif
    • 2013-03-08 10:32:15, 14.48 K

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1楼 2013-03-08 10:33:03
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:14:26
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:18:08
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致？
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2楼2013-03-08 16:39:37
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:12:19
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:17:58
试试用chemcraft或者gaussview
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3楼2013-03-11 09:16:04
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ter20 at 2013-03-11 09:16:04
试试用chemcraft或者gaussview

我这边没有这两种软件，也没有用过。不知道你电脑里有没有，如果有的话，麻烦你帮我看下，我已经将cif文件上传到网盘了，谢谢
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4楼2013-03-11 14:12:01
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:39:37
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致？

Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. [Zn(bim)2]·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。
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5楼2013-03-11 14:14:20
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:14:20
Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. ·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。...

老外的呢？ 老外模拟这个结构也是引用上述中国人的？
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6楼2013-03-11 18:38:22
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:12:01
我这边没有这两种软件，也没有用过。不知道你电脑里有没有，如果有的话，麻烦你帮我看下，我已经将cif文件上传到网盘了，谢谢...

小木虫上这两种软件都有，你搜搜去下载就可以了，很简单，不用着急
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7楼2013-03-12 10:56:49
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-11 14:14:20
Huang, X.; Zhang, J.; Chen, X. ·(H2O)1.67: A Metal-Organic Open-Framework with Sodalite Topology.Chin. Sci. Bull.2003,48, 1531–1534
我从CCDC索取结构的时候用的是这篇文献。...

师弟，这个问题你解决了吗？
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
8楼2013-03-16 18:37:35
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-03-16 18:37:35
师弟，这个问题你解决了吗？...

没有，你知道怎么弄吗？
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9楼2013-03-16 20:41:12
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-03-16 20:41:12
没有，你知道怎么弄吗？...

我导入ZIF-8的时候也出现了同样的问题，强制make p1仍然不行。。
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好好学习，天天向上。
10楼2013-03-16 20:43:20
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