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xlx906047684金虫 (著名写手)
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引物设计 已有7人参与
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| 导师按照文献给我设计了两对引物,但PCR的结果和文献完全不一样,文献上得到的是1100bp左右的条带,我得到得的是300bp左右的条带,而且提DNA和PCR都重复做了,结果一样,导师说要重新设计引物,但我不知道怎么在NCBI上找到该物种中发现的所有这个基因相关序列,也不知道该怎么设计引物,本人是跨专业做分子,所以好多东西还不太懂,希望大家能帮帮忙 |
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3楼2014-11-25 09:57:59
8楼2014-11-25 20:38:31
11楼2014-11-26 01:03:45
mizhoulong
木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-11-27 20:06:23
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-11-27 20:06:23
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哪有想的那么麻烦,这个原则,那个原则 http://www.simgene.com/Primer3 用了很多次,从排名前5的里边选靠前的,基本没问题 |

12楼2014-11-26 09:36:49
gufeng2008
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14楼2014-11-26 10:49:28
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zhenxiangkai
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5楼2014-11-25 12:17:59
xlx906047684
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1 gaaaacccat tcgatcgatc attagtactt ccaactaaac tagcaagcta gtgagagatg 61 gcagcttcaa ctgaagagat gacgaaggca ctaacagccg ccaccgtcct ggccatcggc 121 acggccaatc ctcccaattg ctactaccaa gctgactttc ccgacttcta cttccgcgcc 181 accaacagcg accacctcac ccacctcaag cacaaattca agcgcatttg tgagaagtca 241 atgatcgaga agcgttacct tcaattgacg gaagacattc tcaaagaaaa cccgaatatc 301 ggtgcgtacg aggcaccatc attggatgta agacacgaaa ttcaagtgaa aggagttgca 361 cagcttggga aagaggccgc tctcaaggcc atgcaagagt ggggccaacc caaatctaag 421 atcacacatc tcatcgtgtg ttgcatagcc ggggttgaca tgccaggcgc agattatcaa 481 ctcactaagc ttcttgacct aaactcttct gttaagcgct tcatgtttta ccacctagga 541 tgttacgctg gtggcaccgt ccttcgtctt gccaaggata tagccgagaa caacaaagga 601 gctcgtgttc tcatagtttg ttcagagatg acgccaatct gcttccgtgg gccatctgaa 661 acccatatag actccatggt agggcaagca atatttggtg atggtgctgc agctgtcata 721 gttggagcga acccagacct aacagttgag aagcccattt tcgagttgat ttccacagcc 781 caaactatca tacctgaatc tgatggtgcg attgagggcc atttgctaga agttggactc 841 agtttccaac tctaccagaa tgtccccgca ctaatctcta atagcatagg aacatgcctt 901 tcagaagctt tcacccctct aaacattagc aattggaact ccctcttctg gatcgcacat 961 cctggtggcc ctgctatcct agaccatgtt gaggccaccg ttggtctcaa caaggagaaa 1021 cttaaggcaa ccagacaagt gctgaacgac tatggaaaca tgtcaagtgc ttgtgtgttt 1081 tttatcatgg atgagatgag gaagaagtca cttgaaaacg gccacgcaac gactggagaa 1141 ggactgcagt ggggcgttct gtttggattc gggcctggta ttactgttga aactgtggtg 1201 ctacgaagtg tgcccatcat ttaactcaaa atgattgaat cacgtacttc caattagtaa 1261 tatatgttca tccttctgta tcggtagagt tgatctgatg tctttgtgtt ttctttatta 1321 ttgagccctt ttgatcatgt accctgaata attgtgagtt tcctccacaa tgggaacgct 1381 tgtatgatag cattttcaat ttaaagaata acattatatt cgatctcc 其中第57bp到1224bp是编码区 这是根据文献上的序列号查到的序列,导师给我设计了两对引物 第一对是F:atggcagcttcaactgaag R:ttaaatgatgggcacacttc 第二对是F:gatggcagcttcaactgaag R:atgatgggcacacttcgtag 第一对引物和文献上的是一样的,只是没有加文献上5端的酶切位点和保护碱基,但扩增出来的条带比文献上端好多,文献上是1137bp,但我得到的亮带只有300bp左右,而且两对引物得到的结果完全不一样,第二对在300bp除几乎看不到条带,两对引物几乎是一样的但结果完全不一样,麻烦帮我分析一下,如果重新设计引物怎么设计啊,谢谢啊 |
6楼2014-11-25 20:27:07
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9楼2014-11-25 20:51:14
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