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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于miRNA前体序列的问题
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xinyou519

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于miRNA前体序列的问题 已有2人参与

我利用生物信息学方法预测了几个新的保守miRNA，要对其前体序列进行预测，预测的时候用miRNA比对的时候去比对什么序列呢，是该物种的EST，GSS，nt，还是蛋白质库呢？比对上了，上下游序列怎么取？取多长？然后再进行二级结构预测. 希望各位兄弟姐妹知道一下，谢谢
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1楼 2014-11-19 17:52:41
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小松果2012

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xinyou519 at 2014-11-21 11:41:33
就是计算机预测保守miRNA，预测出来以后不是要匹配它的前体序列，才能称之为可能的miRNA，最后才是验证。...

可能我们做的不太一样吧，那你怎么看它是否匹配呢？
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4楼2014-11-21 21:27:01
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小松果2012

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先你预测miRNA的目的是什么？预测到保守的之后不应该验证吗？
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2楼2014-11-20 13:27:50
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xinyou519

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小松果2012 at 2014-11-20 13:27:50
首先你预测miRNA的目的是什么？预测到保守的之后不应该验证吗？

就是计算机预测保守miRNA，预测出来以后不是要匹配它的前体序列，才能称之为可能的miRNA，最后才是验证。
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3楼2014-11-21 11:41:33
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接比genomic sequence
虽然miRNA前体应该是转录出来的，但由于其成熟过程中会自我剪切，EST测序不一定能测到。
上下游一般各取150-200吧，动物的可能可以取得短一点。
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5楼2014-11-22 09:57:02
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