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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 静电势填色等值面图
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宇茜cathy

银虫 (小有名气)

[求助] 静电势填色等值面图 已有5人参与

看到一句话：“研究分子静电势的时候通常研究的是它在分子范德华表面（一般取电子密度为0.001的等值面）上的数值分布，最直观的方法是绘制填色等值面图进行分”我想请问的是，不是说静电势能图上红色部分电子密度最低吗？为什么又来了个等值面图啊？？到底什么意思啊？初次接触量化，很多地方不懂，还请各位专家赐教，多谢~~~
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既然选择了远方,便只顾风雨兼程
1楼 2014-11-18 20:22:10
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ylzhao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
宇茜cathy: 金币+3, ★有帮助 2014-11-20 18:58:26
最近我也在画静电势图，以下是我的一些理解，仅供参考，欢迎同行指正。

一个体系被优化完之后，围绕它的电子密度分布是三围立体的外观。如果分析一个单位正电荷靠近这样一个分子时产生的吸引或排斥的能量会是多少，那么我们就得指定一个等值面吧，否则大小标准不统一呀。一般选择能够产生范德华力的电子密度等值面为参考面，因为正电荷靠近这个分子达到这样的距离时就已经有吸引和排斥产生了。你用的是Gaussview看的静电势能图吧，上面红色部分代表吸引，蓝色部分代表排斥。至于“静电势能图上红色部分电子密度最低”，可能是在特定语句下的推断，不能做为一般性的论断吧。
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2楼2014-11-20 15:02:11
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普通回帖

ylzhao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

刚看了相关的帖子，才知道你提出的问题的用意，呵呵，我也弄不明白了。静电势把原子核的影响也包含在里面了，是不是产生排斥或吸引后电子密度也改变了？

看看哪位专家给出答案了。
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3楼2014-11-20 15:16:50
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宇茜cathy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ylzhao at 2014-11-20 15:16:50
刚看了相关的帖子，才知道你提出的问题的用意，呵呵，我也弄不明白了。静电势把原子核的影响也包含在里面了，是不是产生排斥或吸引后电子密度也改变了？

看看哪位专家给出答案了。

你的意思是说那个“一般取电子密度为0.001的等值面”的意思是指一般取这个表面为参照面？ 而不是说整个画出来的静电势能图上的电子密度都是0.001啊？
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既然选择了远方,便只顾风雨兼程
4楼2014-11-20 15:59:07
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ylzhao

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 宇茜cathy at 2014-11-20 15:59:07
你的意思是说那个“一般取电子密度为0.001的等值面”的意思是指一般取这个表面为参照面？ 而不是说整个画出来的静电势能图上的电子密度都是0.001啊？...

按照我的理解是这样的。
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5楼2014-11-20 17:39:35
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宇茜cathy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ylzhao at 2014-11-20 17:39:35
按照我的理解是这样的。...

哦~
6楼2014-11-20 18:58:06
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992648352

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhou2009: 金币+3 2014-11-23 09:14:59
一下是我的个人看法（也不一定对）：
1、既然是等值面，那么画出来的那个电势面处处电子密度应该都为0.001（或者其它值）；
2、这里的电子密度和电势，我觉得不能混淆，电子密度大的不一定电势低吧，电势并不是只取决于局部的电子密度，而是整个分子（原子核+核外电子）的整体贡献；
3、取电子密度在0.001时候，文献上说的是因为0.001考虑到了整个分子的96%电子和全部原子核的贡献。
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7楼2014-11-23 00:52:02
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

注意GV中静电勢有两种表达方式：
一种是大家说的，取电子密度在0.001时候，它考虑到了整个分子的96%电子和全部原子核的贡献，这时得到的是在这样一个等值面上静电勢的值。这时正负値交替分布在这样一个等值面上，用红色到蓝色来表达静电勢的分布值。
另一种是指定一个静电勢的正、负値，由此値画静电勢的等值面，这时等值面图是正负値界面分明，静电勢的性质泾渭分明。
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8楼2014-11-23 09:30:55
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宇茜cathy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ylzhao at 2014-11-20 15:02:11
最近我也在画静电势图，以下是我的一些理解，仅供参考，欢迎同行指正。

一个体系被优化完之后，围绕它的电子密度分布是三围立体的外观。如果分析一个单位正电荷靠近这样一个分子时产生的吸引或排斥的能量会是多少 ...

可是这个参考面和静电势能图的颜色有什么关系呢？
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既然选择了远方,便只顾风雨兼程
9楼2015-01-06 15:44:27
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lxying

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

等值面：一般取电荷密度0.001的等值面作为体系的vdW面，分析这个面上边的一些性质非常有用。比如分析vdW面上边的静电势ESP可以研究分子之间的相互作用，比如氢键的形成以及取向等。
ESP定义：一般为体系中所有正电荷（原子核电荷）和电子（负电荷）在该某一点势能的叠加即为该点的ESP（可正可负，原子核附近一般为正，比较容易理解）。
ESP与电荷分布之间关系：一般来讲，因为正电荷相对固定，电子（负电荷）密集的地方ESP就越小。

静电势填色等值面图：一般来讲就是在vdW面上用不同的颜色表示该面上的ESP数值，比较直观展示ESP的分布情况。


希望对你能有帮助。
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明天会更好！
10楼2015-01-06 19:40:27
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