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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 非常异常的静电势图
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ZJboy

木虫 (著名写手)

[求助] 非常异常的静电势图

请各位高手帮忙看看，怎么才能解决问题，画出合理的静电势图。
谢谢。
很急。

优化及能量计算的方法都是B3LYP，基组方面，对铜使用LANL2DZ，对C,N,H使用
6-31g*。能量计算的命令行为
#p b3lyp/genecp sp pop=(full,NBO) guess=read geom=check

再次非常感谢。
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1楼2011-08-18 10:22:43
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by ZJboy at 2011-08-18 10:22:43:
请各位高手帮忙看看，怎么才能解决问题，画出合理的静电势图。
谢谢。
很急。

优化及能量计算的方法都是B3LYP，基组方面，对铜使用LANL2DZ，对C,N,H使用
6-31g*。能量计算的命令行为
#p b3lyp/genecp sp p ...

ISOVALUE=0.02
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2楼2011-08-18 10:23:10
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

ZJboy(金币+5): Thanks 2011-08-18 11:18:29
ZJboy(金币+5): 因为怕帖子被关掉所以没有一次给完，不好意思。 2011-08-18 19:45:36
1、图和分子骨架错位了，不知何故？是否是结果是优化之后的，分子坐标用的是优化之前的？
2、这是静电势图吗？在命令行没有见到相应计算静电势的关键词。
3、对这种平面分子，用等值面不如用截面等值线来表达。
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3楼2011-08-18 11:13:26
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-08-18 11:13:26:
1、图和分子骨架错位了，不知何故？是否是结果是优化之后的，分子坐标用的是优化之前的？
2、这是静电势图吗？在命令行没有见到相应计算静电势的关键词。
3、对这种平面分子，用等值面不如用截面等值线来表达。

用.fchk文件，GV打开，Surfaces-cube actions处选new cube-total density-再new cube -ESP-再Surface Actions -new mapped surfaces。

论坛上有人提供这样的做法
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4楼2011-08-18 11:22:04
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-08-18 11:13:26:
1、图和分子骨架错位了，不知何故？是否是结果是优化之后的，分子坐标用的是优化之前的？
2、这是静电势图吗？在命令行没有见到相应计算静电势的关键词。
3、对这种平面分子，用等值面不如用截面等值线来表达。

不好意思，应该是用以下方法做出来的：
http://hi.baidu.com/xiaoyuan2302 ... 41c988a0ec9ce9.html
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5楼2011-08-18 11:25:17
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-08-18 11:13:26:
1、图和分子骨架错位了，不知何故？是否是结果是优化之后的，分子坐标用的是优化之前的？
2、这是静电势图吗？在命令行没有见到相应计算静电势的关键词。
3、对这种平面分子，用等值面不如用截面等值线来表达。

以下是用相同方法，用配体做出来的静电势图，应该比较正常。
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6楼2011-08-18 11:28:06
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zhficcas

银虫 (正式写手)
对,我也作出了全是蓝色的图形,不知何故,另外,楼主知道图上的标尺是如何作出来的吗, 我做个分子的静电势后没显示标尺啊.
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7楼2011-08-18 12:59:59
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhficcas at 2011-08-18 12:59:59:
对,我也作出了全是蓝色的图形,不知何故,另外,楼主知道图上的标尺是如何作出来的吗, 我做个分子的静电势后没显示标尺啊.

全是蓝色是因为静电势都比较正，当然可以通过调整静电势的区间来出现其它颜色。反过来说，只要调整静电势区间，任何一副静电势图都可以全是红或蓝。
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8楼2011-08-18 13:59:46
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhficcas at 2011-08-18 12:59:59:
对,我也作出了全是蓝色的图形,不知何故,另外,楼主知道图上的标尺是如何作出来的吗, 我做个分子的静电势后没显示标尺啊.

用.chk或.fchk做出的图应该都有颜色标尺。当然你要说和静电势图出现在同一张图内就我也不知道
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9楼2011-08-18 14:00:56
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-08-18 11:13:26:
1、图和分子骨架错位了，不知何故？是否是结果是优化之后的，分子坐标用的是优化之前的？
2、这是静电势图吗？在命令行没有见到相应计算静电势的关键词。
3、对这种平面分子，用等值面不如用截面等值线来表达。

关于您的疑问1：
是先优化然后以cp指令复制优化后的checkpoint文件为单点计算所需的checkpoint文件，然后在单点计算文件中以guess=read geom=check命令读取优化后的构型进行计算。
也试过以GV保存优化后的构型，存为单点计算文件进行计算。
但结果差不多。
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10楼2011-08-20 10:23:02
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