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bruselizj金虫 (初入文坛)
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[求助]
PET扩散模拟
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做PET扩散MD模拟，建单体不知有没问题，麻烦大神指点？ 如果没问题，而我modify/charge/calculate后，跑平衡老报失败，如下： Cutoff (A) Spline Width (A) Buffer Width (A) vdW 13.00 0.00 0.50 Coulomb 13.00 0.00 0.50 Summation method for vdW : Group based Summation method for Coulomb : Group based Dielectric : 1.00 Energy: Nonbond group size check failed for: group: 0, atom: 9, dist: 6.628267 The group is too large. Repeat the calculation with smaller nonbond groups or a larger cutoff Similar warning messages will not be output again Energy: encountered 690 warnings NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations 请问怎么搞定这个问题？ 下面是我用forcite退火失败后的提示： 2014/11/04@08:36:54 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal ERROR MatServer terminated with unknown error status. 2014/11/04@08:37:01 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal ERROR Error on Job Complete. Study table creation failed. The trajectory is marked as invalid and is unusable. 2014/11/04@08:37:01 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal ERROR Files not removed from server due to previous errors. 2014/11/04@08:37:01 [RJFN8] - PET contr Forcite Anneal WARN As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived. 这个问题一直解决不了。恳请指教！ 非常感谢. |
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2014-11-04 09:01:48, 1.21 M
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2楼2014-11-04 11:12:51
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atom based用可以。 现在就想试试group based,你会用吗? 下面是我建完100聚合度的PET高分子链并且修改了OH，用modify/charge/charge group/calculate设定charge groups，再建AC盒子时出现如下错误，怎么办现在？ ERROR: The charge group CG101 is not neutral. The absolute net charge is 0.112e and it should be less than 0.1e 不知怎么让The absolute net charge（静电荷）变成neutrual 望指教 |
3楼2014-11-05 20:23:16