版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

wzq70402

捐助贵宾 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 733.8
散金: 101
红花: 10
帖子: 277
在线: 182.9小时
虫号: 687730
注册: 2009-01-04
性别: GG
专业: 合成药物化学

[求助] 求助计算配合物结构优化的输入文件已有1人参与

大家好，近来想计算一下配合物的优化，输入文件如下
%nprocshared=20
%mem=16GB
# opt b3lyp/genecp pseudo=read

Title Card Required

2 2
C                -5.60976080 2.25547701 -0.28960758
C                -4.57510480 3.17420201 -0.47840358
C                -3.32641480 2.44272401 -0.45794358
N                -3.63551580 1.11836001 -0.27150058
C                -5.00579780 0.94333901 -0.15680358
C                -5.61511080 -0.27630599 0.09089442
C                -4.96798380 -1.51201199 0.25309542
N                -3.66983644 -1.76522109 0.15374691
C                -3.39573380 -3.03788799 0.38435242
C                -4.66580980 -3.73288399 0.63692642
C                -5.64920680 -2.77530199 0.55206242
C                -2.13028839 -3.62739696 0.54302183
C                -0.90199980 -3.10685599 0.07763342
N                -0.63330980 -1.75997199 -0.18816358
C                0.69377920 -1.58404999 -0.45862458
C                1.31336420 -2.87262199 -0.35653158
C                0.34489220 -3.81523899 -0.01176758
C                1.42266220 -0.40045399 -0.71299458
C                0.86632220 0.89945901 -0.59535358
N                -0.53416902 1.03647069 -0.56536932
C                -0.79106880 2.40622901 -0.59720258
C                0.47025920 3.25528301 -0.71922458
C                1.54422220 2.24929101 -0.22202558
C                -2.04337480 2.99923901 -0.57949058
C                -4.69416680 4.64851101 -0.71727758
C                -7.05094580 2.47619801 -0.25527558
C                -7.69360480 3.61106301 0.07830542
C                -7.12985880 -2.93565099 0.72777842
C                -4.81427280 -5.19425499 0.96039242
C                -4.55921980 -5.52582999 2.45000342
C                0.53383720 -5.28380799 0.21436042
C                2.80864420 -0.61858199 -1.18272558
C                2.73576120 -3.04660899 -0.57889958
N                3.40569920 -1.89276499 -1.01748858
C                4.82951020 -2.03562999 -1.40353658
O                3.46834820 0.26729401 -1.77586158
O                3.35401320 -4.12999699 -0.43763958
C                5.78553420 -1.72563899 -0.24061558
C                7.25952320 -1.88063499 -0.65568458
C                8.24011620 -1.58053399 0.49250142
C                9.70520420 -1.74945999 0.08341242
O                10.63003620 -1.39955299 1.15494442
C                3.00257120 2.63058501 -0.52513758
H                0.40718220 4.12778201 -0.05905558
C                3.39458520 3.99372101 0.07923142
C                3.42115820 4.01093301 1.58934742
O                3.33713920 3.03007501 2.33843842
O                3.57405820 5.29283801 2.06970442
C                3.66078620 5.44693401 3.53019442
C                0.67617420 3.73189401 -2.17539058
H                -6.69486380 -0.27079799 0.18880042
H                -2.11649893 -4.70306568 0.68477726
H                1.47104220 2.23308501 0.87966642
H                -2.03271080 4.08138501 -0.65826458
H                -3.86361880 5.02677901 -1.32129558
H                -5.62317480 4.88049801 -1.24862358
H                -4.70472880 5.22288201 0.21966242
H                -7.65894480 1.61443001 -0.52736358
H                -7.17780080 4.50657101 0.40544242
H                -8.77725480 3.66259301 0.05617442
H                -7.49375180 -2.41576999 1.62464342
H                -7.68742180 -2.53176599 -0.12740658
H                -7.40776480 -3.98910399 0.82913042
H                -5.82443580 -5.52807199 0.69141742
H                -4.12992180 -5.78805999 0.33881942
H                -4.67299680 -6.60041699 2.63514542
H                -3.54788480 -5.23158799 2.75263642
H                -5.26629380 -4.99013599 3.09297042
H                0.17539820 -5.58382999 1.20711042
H                -0.02347180 -5.87496499 -0.52421058
H                1.59055420 -5.54024999 0.13296642
H                4.96375920 -3.06673999 -1.73531058
H                5.00523620 -1.35208599 -2.23543258
H                5.60705720 -0.70051199 0.11013742
H                5.56259120 -2.40217899 0.59455042
H                7.42770320 -2.90479499 -1.02250458
H                7.47266520 -1.20823199 -1.50044458
H                8.09532120 -0.55426999 0.85469142
H                8.02162320 -2.24980699 1.33979042
H                9.88922320 -2.77652299 -0.26928758
H                9.95946520 -1.06630699 -0.73138258
H                10.48458620 -1.99310399 1.91972842
H                3.66962120 1.87258101 -0.11449858
H                3.18936620 2.64520901 -1.59910458
H                4.40510420 4.26100801 -0.26147258
H                2.74680820 4.81015001 -0.25976458
H                3.77196920 6.51742601 3.69055642
H                2.75226220 5.06909901 4.00416142
H                4.52298520 4.89938001 3.91693842
H                0.78051920 2.87601301 -2.85144458
H                -0.18265480 4.32509001 -2.50864158
H                1.57253220 4.35300901 -2.27213358
Cu             -2.28200657 -0.37030571 0.01386547

C H O 0
6-31G**
****
Cu 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz

然后计算结果总是有语法错误，想问问大家到底如何弄，以前没有算过配合物，不知道输入文件哪儿有错
General basis read from cards:  (5D, 7F)
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.

'
Last state="Top"
TCursr=  927 LCursr= 0
Error reading general basis specification.
Error termination via Lnk1e in /home/wzq/Gaussian/g09/l301.exe
我计算的是二价铜与脱镁叶绿素成配体后结构的优化，希望大家不吝赐教，我的输入文件哪儿有问题？该怎么修改

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

G2方法的输入如何写已经有16人回复
高斯计算中固定部分角度作优化已经有10人回复
高斯软件进行含金属配合物优化时，两个氯离子和金属成键的长度不一样，已经有10人回复
Gaussian混合基组求助已经有13人回复
gaussian中NBO计算出现的问题已经有10人回复
关于晶体优化问题已经有6人回复
关于Gaussian 能量的计算已经有7人回复
求助金属配合物的ESI-MS分子离子峰的误差已经有9人回复
关于TD-DFT优化构型并计算频率的问题已经有12人回复
Chem3D中优化的问题已经有6人回复
金属配合物稳定常数分子模拟计算已经有7人回复
金属配合物结构问题已经有14人回复
请问有人知道怎样计算配合物基态的氧化电势，急用！如果解决了再送50金币已经有11人回复
【求助】关于激发态优化及发射光谱的计算已经有36人回复
【求助】HF方法优化配合物结构无法收敛已经有3人回复
【原创】一个结构简单的铜配合物结构能发什么刊物已经有5人回复
【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内已经有9人回复
【求助】优化的结果，scf计算该结构，force为什么仍然很大？已经有7人回复
【讨论】如何利用gaussian来解释关于不同合成条件下得到的两种配合物（50金币）已经有20人回复
【求助】结构优化不收敛或是收敛太慢，怎么办？已经有8人回复
【求助】关于含有金属离子的配合物计算问题已经有7人回复
【求助】优化计算后偶极距选择已经有12人回复

海内存知已

1楼 2014-10-22 20:08:56

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

高斯技术支持

新虫 (初入文坛)

应助: 10 (幼儿园)
金币: 192.8
红花: 2
帖子: 30
在线: 375.5小时
虫号: 3492706
注册: 2014-10-23
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-10-23 11:27:51
wzq70402: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-24 18:12:49

自定义基组以及赝势使用方法不正确
首先，体系中有氮原子，但没有给出相应基组
C H O 0 应该改为 C H O N 0
其次，基组定义结束后有一个空行，然后才是赝势部分
所以输入文件末尾应该是
C H O N 0
6-31G**
****
Cu 0
lanl2dz
****

Cu 0
lanl2dz

赞一下