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yan342221

新虫 (初入文坛)

[求助] 菌液PCR中没加片段和用水作对照都有条带,怎么解释??? 已有1人参与

做连接时有对照没加片段和没加连接酶,涂板摇菌后菌液PCR都有条带,用水作模板也有条带,条带位置还是应有的位置,怎么解释???是什么东西污染了吗,怎么解决?
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s_lich28

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-10-19 00:32:26
yan342221: 金币+5 2014-10-20 19:03:04
首先说没加连接酶,能想到的可能是楼主在载体的纯化中没割胶回收,导致没有被切割的载体一起混在最后的连接混合物中。所以如果不幸言中的话请楼主割胶回收酶处理过的载体。
然后是加水也能连上,当然上述没被切割的载体的污染也会导致这个问题,但更常见的原因是酶切过后的载体没经过去磷酸化(BAP或CIAP)处理,导致载体的自我连接(这种情况在单酶切下发生率很高!)。
There is nothing either good or bad, thinking makes it so.
2楼2014-10-18 22:43:43
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yan342221

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by s_lich28 at 2014-10-18 22:43:43
首先说没加连接酶,能想到的可能是楼主在载体的纯化中没割胶回收,导致没有被切割的载体一起混在最后的连接混合物中。所以如果不幸言中的话请楼主割胶回收酶处理过的载体。
然后是加水也能连上,当然上述没被切割的 ...

那请问水的条带跟目标条带为什么一致?
3楼2014-10-20 19:02:49
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s_lich28

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yan342221 at 2014-10-20 20:02:49
那请问水的条带跟目标条带为什么一致?...

因为不知道楼主的实验体系,所以只能做猜测。如果楼主加水连接载体然后做菌落PCR出现目标条带大小一致的条带,那说明菌体里含有的不是空的载体,能作出的猜测就是载体被原来未切割的质粒污染了。
There is nothing either good or bad, thinking makes it so.
4楼2014-10-20 23:24:19
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