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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请教一些共显性的标记问题
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chtao0924

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教一些共显性的标记问题已有1人参与

共显性是指能同时表达的一对等位基因，微卫星中扩增的不是都是基本与基因表达无关的重复序列吗，而PCR的模板链为双链DNA分子，其上面应该是只有一对等位基因的其中一个基因（比如A或者a），为什么泳道中会有两条带，并且可以判断其为杂合子，一条带的时候为纯合子？

因为初学，看了些pcr的原理，我是不是有什么概念上的东西搞错了？请大家不吝赐教，谢谢！
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1楼2014-10-17 21:09:55
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badman20

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
LZ需要恶补相关知识。首先，扩增出来的条带不一定是与基因表达无关的，如果扩增片段在基因的外显子里面（EST序列），就很可能与表达密切相关；第二，PCR模板为双链DNA分没错，但是理想状态下SSR扩增的条代并不是来自同一DNA分子（或者说同一条染色体），而是分别来自两条（二倍体）或多条（多倍体）不同的染色体（同源染色体，半数来自父本，半数来自母本）。如果来自父本的染色体上的DNA序列与来自母本的对应位点的序列相同，则扩增出来体现为一条带（即纯合子），反之如来自父本的DNA对应位点与母本的不同，则体现为两条带（即杂合子）。
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2楼2014-10-17 22:29:45
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badman20

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
chtao0924: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢，了解了 2014-10-18 10:54:05
引用回帖:
4楼: Originally posted by chtao0924 at 2014-10-17 23:03:11
还有，微卫星扩增的简单串联重复序列，是因为存在不同的等位基因才导致重复序列片段大小不同而呈现不同的条带的吗？
一个位点可能会有多个等位基因，为什么一般只有两个等位基因条带，会不会有3个或更多等位基因而 ...

首先，SSR只是一个区分个体的标记，不一定直接与基因相关，如果SSR位于非编码区，则SSR重复次数的变化可能不影响基因的功能表达，但是如果SSR位于基因编码区，那么显然SSR重复次数的变异会影响到基因编码蛋白的序列，就与基因表达直接相关。第二，如果你研究的材料（生物体）是二倍体（比如人），那么扩增出来的条带只有1条（纯合子）或2条带（杂合子），但如果材料为多倍体，比如很多植物（如小麦（六倍体）、马铃薯（四倍体）等）扩增出来的条带可能就会有多个条带。
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5楼2014-10-18 08:44:08
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badman20

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chtao0924 at 2014-10-17 22:53:08
谢谢，那么这两条带分别代表的是不同的等位基因是吗，比如说A和B？
共显性标记只能看出杂合和纯合，而看不出显隐性是吗，比如A和a？...

SSR标记和真正的基因是有本质区别的，简单来说，SSR标记只是可以知道来自父本和母本的同源染色体上的对应位点的DNA序列（重复序列数目）是否相同，这段序列可能是有功能的，也可能是没有功能的。而真正的基因与性状表达直接相关，肯定是有功能的。至于显隐性，是要通过性状是否表达来判断的，仅看DNA序列是不知道的。
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6楼2014-10-18 08:55:10
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chtao0924

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badman20 at 2014-10-17 22:29:45
LZ需要恶补相关知识。首先，扩增出来的条带不一定是与基因表达无关的，如果扩增片段在基因的外显子里面（EST序列），就很可能与表达密切相关；第二，PCR模板为双链DNA分没错，但是理想状态下SSR扩增的条代并不是来 ...

谢谢，那么这两条带分别代表的是不同的等位基因是吗，比如说A和B？
共显性标记只能看出杂合和纯合，而看不出显隐性是吗，比如A和a？
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3楼2014-10-17 22:53:08
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chtao0924

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badman20 at 2014-10-17 22:29:45
LZ需要恶补相关知识。首先，扩增出来的条带不一定是与基因表达无关的，如果扩增片段在基因的外显子里面（EST序列），就很可能与表达密切相关；第二，PCR模板为双链DNA分没错，但是理想状态下SSR扩增的条代并不是来 ...

还有，微卫星扩增的简单串联重复序列，是因为存在不同的等位基因才导致重复序列片段大小不同而呈现不同的条带的吗？
一个位点可能会有多个等位基因，为什么一般只有两个等位基因条带，会不会有3个或更多等位基因而出多个杂合条带的情况？
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4楼2014-10-17 23:03:11
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南有乔木张恺

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by badman20 at 2014-10-18 08:55:10
SSR标记和真正的基因是有本质区别的，简单来说，SSR标记只是可以知道来自父本和母本的同源染色体上的对应位点的DNA序列（重复序列数目）是否相同，这段序列可能是有功能的，也可能是没有功能的。而真正的基因与性状 ...

也就是说，ssr标记，对于二倍体的话只能扩增出来1条带就是纯合，两条带就是杂合，但是我做的ssr为什么能扩增出4,5条带呢，2倍体。ssr是串联重复序列两端保守序列设计引物，但是一个基因组中会有很多个重复序列。因此会跑出很多个不一样的条带，这个和纯合杂合没有关系吧。我这样理解，不对的地方请指导。
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7楼2016-01-22 19:53:28
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杨晨

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 南有乔木张恺 at 2016-01-22 19:53:28
也就是说，ssr标记，对于二倍体的话只能扩增出来1条带就是纯合，两条带就是杂合，但是我做的ssr为什么能扩增出4,5条带呢，2倍体。ssr是串联重复序列两端保守序列设计引物，但是一个基因组中会有很多个重复序列。因 ...

可能是引物设计的问题，在基因组中有一些序列是高度相似的，针对一个位置设计的引物要进行全基因组的比对，以确定扩增条带的唯一性。而且PCR扩增并不完全要求引物100%匹配，这样可能导致扩增出一些其它地方的杂带。
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8楼2016-01-22 22:56:26
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南有乔木张恺

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 杨晨 at 2016-01-22 22:56:26
可能是引物设计的问题，在基因组中有一些序列是高度相似的，针对一个位置设计的引物要进行全基因组的比对，以确定扩增条带的唯一性。而且PCR扩增并不完全要求引物100%匹配，这样可能导致扩增出一些其它地方的杂带。...

谢谢，那这样的话，是不是只有与目的片段长度相同或者相近的地方的片段才是我们数据分析要分析的？其他扩增片段长度相差太大的就是可以舍弃的？但是有的个体目的片段长度附近会有3，4条带，怎么分析呢？

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9楼2016-01-22 23:03:42
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badman20

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 南有乔木张恺 at 2016-01-22 23:03:42
谢谢，那这样的话，是不是只有与目的片段长度相同或者相近的地方的片段才是我们数据分析要分析的？其他扩增片段长度相差太大的就是可以舍弃的？但是有的个体目的片段长度附近会有3，4条带，怎么分析呢？
...

上一问题@杨晨说的非常对！关于这个问题：第一，你说的有的个体是少数几个个体还是大部分个体？如果少数一、两个个体这样，则问题不大，选取离目的片段最接近的、扩增效果最好的（重复扩增稳定、染色相对较深）一条或两条带作为目的带；如果是大部分个体都这样，在你确保是二倍体情况下，则可能是引物的侧翼序列不够保守（特异或唯一），导致多位点扩增，建议提高退火温度或剔除该SSR标记。
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10楼2016-01-23 10:00:54
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