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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用dmol3模拟能量优化
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elaeaba

银虫 (小有名气)

[求助] 用dmol3模拟能量优化 已有1人参与

用MS的Dmol3做水分子和乙醇分子的能量优化 算两个分子的能量 用的是DNP基组， GGA/BLYP方法 做了以后要不要做能量校正 怎么做能量校正啊 还有写文章的时候能不能这么写啊Theoretical study on the structure of hydrogen bond was carried out by using density functiongal theory. A double numerical plus polarization (DNP) basis set was applied to calculate the valence orbitals of different atoms, and geometries were optimized at the GGA/BLYP level.
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1楼 2014-10-11 21:38:47
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

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★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
elaeaba: 金币+5, ★★★★★最佳答案, xiexie 2014-10-12 10:23:02
为何不用gaussian 这个比较适合非周期性分子

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2楼2014-10-11 22:14:35
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elaeaba

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lastzealot at 2014-10-11 22:14:35
为何不用gaussian 这个比较适合非周期性分子

因为我还要计算一个大分子的作用力，gaussian的BL3YP 6-311++(d，p)算的太慢了，我也不是做计算化学量子化学的，我是化学工程的 算这个就是为了解释一下实验现象
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3楼2014-10-11 22:37:18
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

【答案】应助回帖

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3楼: Originally posted by elaeaba at 2014-10-11 22:37:18
因为我还要计算一个大分子的作用力，gaussian的BL3YP 6-311++(d，p)算的太慢了，我也不是做计算化学量子化学的，我是化学工程的 算这个就是为了解释一下实验现象...

大分子也可以加速它的计算，既然是解释一下现象为什么要用6-311++（d,p）呢？用简单些的嘛。再说也可以用opt=gdiis来加速进程嘛。
你到底要算什么分子呢

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4楼2014-10-11 22:46:18
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

【答案】应助回帖

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3楼: Originally posted by elaeaba at 2014-10-11 22:37:18
因为我还要计算一个大分子的作用力，gaussian的BL3YP 6-311++(d，p)算的太慢了，我也不是做计算化学量子化学的，我是化学工程的 算这个就是为了解释一下实验现象...

opt=（loose,gdiis）

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5楼2014-10-11 22:47:34
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

【答案】应助回帖

错了 好像是geom=loose

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6楼2014-10-11 22:51:37
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elaeaba

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lastzealot at 2014-10-11 22:46:18
大分子也可以加速它的计算，既然是解释一下现象为什么要用6-311++（d,p）呢？用简单些的嘛。再说也可以用opt=gdiis来加速进程嘛。
你到底要算什么分子呢
...

恩 谢谢了 其实我开始就是用gaussian算的  我们没有服务器我算一个程序电脑要好几天我就畏惧了 我算的是对甲苯磺酸铁分子 原子比较多 算的慢。要么我再试试，gaussian也不太会 感觉MS简单一些如果能解释的话是最好了
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7楼2014-10-11 23:08:17
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lastzealot

新虫 (著名写手)

【乱世的奸雄】

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by elaeaba at 2014-10-11 23:08:17
恩 谢谢了 其实我开始就是用gaussian算的  我们没有服务器我算一个程序电脑要好几天我就畏惧了 我算的是对甲苯磺酸铁分子 原子比较多 算的慢。要么我再试试，gaussian也不太会 感觉MS简单一些如果能解释的话是最好 ...

怎么会算那么久呢？你电脑啥配置？我电脑算比你这个大的分子最多也就10几个小时，你是在win下算吧，建议你用linux，把内存和核数设大一些。

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8楼2014-10-11 23:15:05
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