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为什么我的Gromacs一提交就不走呢？ 请教高人，盼回复！ 已有1人参与
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我利用Gromacs做动力学模拟，刚一提交，就显示： Getting Loaded... Reading file md.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision) Loaded with Money starting mdrun 'DMIM-PF6 Amber RESP' 5000 steps, 10.0 ps. step 0Warning: 1-4 interaction between 210 and 216 at distance 4471.506 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size 然后就再也不动了。我打开*log文件，有这样的显示： Started mdrun on node 0 Tue Sep 23 09:29:58 2014 Step Time Lambda 0 0.00000 0.00000 Grid: 7 x 7 x 7 cells Energies (kJ/mol) Bond Angle Ryckaert-Bell. LJ-14 Coulomb-14 4.67345e+03 3.76651e+04 -1.76219e+06 2.03492e+03 -6.83736e+03 LJ (SR) Coulomb (SR) Potential Kinetic En. Total Energy -5.76732e+03 -3.11041e+04 -1.76153e+06 1.14238e+04 -1.75010e+06 Conserved En. Temperature Pressure (bar) -1.75010e+06 3.16180e+02 1.83446e+04 之后也不动了，是什么原因呢，请教高人，盼回复！！ |
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2楼2014-10-09 16:40:54