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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 氢键与其他弱作用力存在时，能单独求出氢键的大小吗
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xiemeng101

新虫 (小有名气)

[求助] 氢键与其他弱作用力存在时，能单独求出氢键的大小吗 已有1人参与

欲计算分子间的氢键的大小，从文献得知这两个分子之间存在氢键(占主导作用)和其他的弱相互作用，有什么办法能抛开其他作用力而单独计算氢键的大小吗？
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1楼 2014-09-19 20:56:21
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiemeng101: 金币+6, ★★★很有帮助 2014-09-20 16:39:24
gmy1990: 金币+2 2014-09-21 06:05:02
假设分子1为 AOH; 分子2 为BF
计算二聚体的能量E(AOH BF)，计算分子1的能量
将分子1的OH基的H调整位置使得不和分子2的F产生氢键作用。 这个时候分子1为AOH*。  计算二聚体的能量E(AOH* BF)，计算分子1*的能量，
氢键的能量为：  E(AOH BF) -E(AOH* BF)- （E1*-E1）
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2014-09-20 16:28:24
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戴世杰

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiewei at 2014-09-20 16:28:24
假设分子1为 AOH; 分子2 为BF
计算二聚体的能量E(AOH BF)，计算分子1的能量
将分子1的OH基的H调整位置使得不和分子2的F产生氢键作用。 这个时候分子1为AOH*。  计算二聚体的能量E(AOH* BF)，计算分子1*的能量，
...

我觉得E1*-E1没有必要考虑，计算E(AOH* BF)的能量时，分子1和分子2的构型和成氢键时相同，只是没有氢键作用，不用优化 直接计算SP，你觉得呢？
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3楼2014-09-21 10:59:31
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
引用回帖:
3楼: Originally posted by 戴世杰 at 2014-09-21 10:59:31
我觉得E1*-E1没有必要考虑，计算E(AOH* BF)的能量时，分子1和分子2的构型和成氢键时相同，只是没有氢键作用，不用优化 直接计算SP，你觉得呢？...

我觉得你说得不对，人家前提是明确有提示说氢键只是主导，而不是全部作用力。 如果照你的说法最后的结果色散会被你纳入氢键的作用的
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
4楼2014-09-22 10:28:41
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiewei at 2014-09-20 16:28:24
假设分子1为 AOH; 分子2 为BF
计算二聚体的能量E(AOH BF)，计算分子1的能量
将分子1的OH基的H调整位置使得不和分子2的F产生氢键作用。 这个时候分子1为AOH*。  计算二聚体的能量E(AOH* BF)，计算分子1*的能量，
...

专家，你好：

我最近也在纠结这个问题，像你说的这种方法是在gaussian软件下得到的结果吧。但是，对于“将分子1的OH基的H调整位置使得不和分子2的F产生氢键作用”这句话，我如果将两个分子放在一起使它们不形成氢键，但是通过opt之后还是会形成氢键的，难道是将他们放在一定的位置不形成氢键 直接计算他们的总能量吗？

求解答，在此谢谢了
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时刻保持虚心学习的态度
5楼2015-06-22 15:49:57
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
引用回帖:
5楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-22 15:49:57
专家，你好：

我最近也在纠结这个问题，像你说的这种方法是在gaussian软件下得到的结果吧。但是，对于“将分子1的OH基的H调整位置使得不和分子2的F产生氢键作用”这句话，我如果将两个分子放在一起使它们不形成 ...

对高斯。
放远点

[ 发自小木虫客户端 ]
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
6楼2015-06-22 17:57:43
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiewei at 2015-06-22 17:57:43
对高斯。
放远点
...

哦，那那样的话，他们之间的其他弱相互作用应该也就下差很大了吧。像你说的那样，一般放多远，有没有一个标准什么的？
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时刻保持虚心学习的态度
7楼2015-06-23 10:29:58
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