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不知道为什么错，求指导
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LAMMPS (1 Feb 2014) ### REAX potential for GO ### This script is prepared on Feb. 9, 2011 ### QPHLL ## Initialization units real dimension 3 boundary p p p atom_style charge ## Atom definition read_data data.CHO orthogonal box = (2.1226 -0.257523 -0.855987) to (77.1226 74.7425 24.704) 4 by 4 by 1 MPI processor grid reading atoms ... 3078 atoms #Force Field, in ReaxFF, 1-C, 2-H, 3-O, 4-N, 5-S pair_style reax pair_coeff * * ffield.reax 1 2 3 # Settings # mass 1 12.0107 # mass 2 1.00794 # mass 3 15.9994 neighbor 2.5 bin neigh_modify delay 0 every 2 check yes # TimeUnit=fs timestep 0.25 compute reax all pair reax variable eb equal c_reax[1] variable ea equal c_reax[2] variable elp equal c_reax[3] variable emol equal c_reax[4] variable ev equal c_reax[5] variable epen equal c_reax[6] variable ecoa equal c_reax[7] variable ehb equal c_reax[8] variable et equal c_reax[9] variable eco equal c_reax[10] variable ew equal c_reax[11] variable ep equal c_reax[12] variable efi equal c_reax[13] variable eqeq equal c_reax[14] ## Output frequency thermo 10 thermo_style custom step cpu press vol temp etotal pe ke v_eb v_ea v_elp v_emol v_ev v_epen v_ecoa v_ehb v_et v_eco v_ew v_ep v_efi v_eqeq thermo_modify line one restart 10000 restart.* # AtomEye, scaled to box size, xs, ys, zs will be [0,1] dump 1 all cfg 1000 dump.*.cfg mass type xs ys zs vx vy vz fx fy fz #dump_modify 1 element C H O dump_modify 1 sort id # VMD dump 2 all dcd 100 movie.dcd dump_modify 2 sort id # XYZ dump 3 all xyz 10000 structure.*.xyz dump_modify 3 sort id # Similar to ReaxFF_xmolout, further modification needed! dump 4 all custom 10 xmolout type x y z dump_modify 4 sort id # Charge information dump 5 all custom 10 charge.q id type q dump_modify 5 sort id # Charge informaiton with coordinates dump 6 all custom 10 coordinate.q id type x y z q dump_modify 6 sort id minimize 1.0e-6 1.0e-6 100000 100000 WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173) |
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金虫 (著名写手)
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