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321wangke321金虫 (正式写手)
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启动子区的转录因子结合位点分析 已有1人参与
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文中如是说：The promoters of these genes were also enriched in the vCGCGb CAMTA-binding site, suggesting that the CAMTA proteins may directly repress some of the SA-induced genes at warm temperature. The promoters were not enriched in the CBF-binding site, rCCGAC, suggesting that they are not part of the CBF pathway.有些问题想请教各位虫友： 1.如何获得拟南芥中基因的启动子序列，并对转录因子结合位点进行分析？ 2.其他物种（有基因组数据）是否也可以进行类似的分析？ 谢谢  |
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【答案】应助回帖
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321wangke321: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-06 20:13:11
321wangke321: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-06 20:13:11
| 你在http://asia.ensembl.org/index.html网站查找该基因，用外显子选项打开其序列，然后在设置里面把编码区上游的片段设到2000，一般起始密码子前面1000左右的包含5‘UTR在内的片段就是主要的启动子区，如果有内含子的话，要去掉。找到序列后，就去一些转库因子结合位点预测的软件上预测一下，像tfsitescan.tess,trrd等等，多几个预测，结合起来就好了。 |
2楼2014-10-06 19:43:34