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321wangke321

金虫 (正式写手)

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[求助] 启动子区的转录因子结合位点分析已有1人参与

文中如是说：The promoters of these genes were also enriched in the vCGCGb CAMTA-binding site, suggesting that the CAMTA proteins may directly repress some of the SA-induced genes at warm temperature. The promoters were not enriched in the CBF-binding site, rCCGAC, suggesting that they are not part of the CBF pathway.有些问题想请教各位虫友：

1.如何获得拟南芥中基因的启动子序列，并对转录因子结合位点进行分析？

2.其他物种（有基因组数据）是否也可以进行类似的分析？

谢谢

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王者风范，一切皆有可能。

1楼 2014-09-07 12:24:25

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秋雨晗晨

铜虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
321wangke321: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-06 20:13:11

你在http://asia.ensembl.org/index.html网站查找该基因，用外显子选项打开其序列，然后在设置里面把编码区上游的片段设到2000，一般起始密码子前面1000左右的包含5‘UTR在内的片段就是主要的启动子区，如果有内含子的话，要去掉。找到序列后，就去一些转库因子结合位点预测的软件上预测一下，像tfsitescan.tess,trrd等等，多几个预测，结合起来就好了。

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