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koreyoshitan

金虫 (初入文坛)

[求助] 有关连接转化问题,求大神指导!!快来救救菜鸟吧。 已有1人参与

我扩了两个片段,分A为4Kb,B为3.8Kb的,想把它们俩连接到PMD18-T中,用的是TAKARA的SolutionⅠ,T4也用过,连接后转化,A片段不长斑,B片段长斑正常。但用菌液PCR和提质粒,最后B片段的大小均为2000bp左右,我想问这是什么情况?不长斑?长得斑片段大小不对……纠结死了!求大神解救。
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
koreyoshitan: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-09-05 14:57:41
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-09-05 17:19:39
koreyoshitan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-06 09:19:52
按照摩尔比(载体和片段1:3)好好的计算一下,4kb连接到2.7kb的PMD18 载体里 如果载体加0.5ul(25ng)l的话,总的片段浓度就需要113ng, 3.8kb的差不多也要那个浓度,

B片段你可以用M13通用引物进行扩增,比你要的要大150bp左右,如果扩增出来还是2000多,那么你这个片段就没连接上去,

另外,不确定你用的什么不是加A尾的酶,用高保真的酶扩增的话要添加A尾。

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2楼2014-09-05 09:18:27
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2014-09-05 09:18:27
按照摩尔比(载体和片段1:3)好好的计算一下,4kb连接到2.7kb的PMD18 载体里 如果载体加0.5ul(25ng)l的话,总的片段浓度就需要113ng, 3.8kb的差不多也要那个浓度,

B片段你可以用M13通用引物进行扩增,比你要的 ...

还有,体系需要把握好,10ul的体系,solutionI是需要一半体积的。像总浓度需要很高的片段,方法就是多扩增几管做胶回收,争取把浓度弄上来,这样就好做多了。
3楼2014-09-05 09:20:47
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koreyoshitan

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2014-09-05 09:18:27
按照摩尔比(载体和片段1:3)好好的计算一下,4kb连接到2.7kb的PMD18 载体里 如果载体加0.5ul(25ng)l的话,总的片段浓度就需要113ng, 3.8kb的差不多也要那个浓度,

B片段你可以用M13通用引物进行扩增,比你要的 ...

我想知道有关A尾的问题,不太懂,我是用的HIFI酶
4楼2014-09-05 14:57:23
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-09-05 17:19:49
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-10 18:16:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by koreyoshitan at 2014-09-05 14:57:23
我想知道有关A尾的问题,不太懂,我是用的HIFI酶...

PMD系列的载体,切好后两端都是加T的,你扩增的片段能够连接上去的原因是因为DNA聚合酶给你两端都加了A,所以才能互补连接上去,如果是高保真酶,扩增出来的片段都是平末端,两端没有A尾,这样的话你得自己加A尾,加A尾很简单, 平末端片段,rtaq或者其他加A尾的酶,对应的buffer,dNTP,  水,72度延伸20分钟就可以了。

你去看一下HIFI说明书,如果扩增的片段式平末端那是要加A尾的。
5楼2014-09-05 15:22:07
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koreyoshitan

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2014-09-05 15:22:07
PMD系列的载体,切好后两端都是加T的,你扩增的片段能够连接上去的原因是因为DNA聚合酶给你两端都加了A,所以才能互补连接上去,如果是高保真酶,扩增出来的片段都是平末端,两端没有A尾,这样的话你得自己加A尾, ...

带A尾。我在努力努力!
6楼2014-09-06 09:19:41
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koreyoshitan

金虫 (初入文坛)

送红花一朵
内容已删除
7楼2014-09-10 09:34:40
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by koreyoshitan at 2014-09-10 09:34:40
大神,我还是做不出来,体系也变了,载体,模版都换了,还是不长。...

你的感受态细胞没什么问题吧?有没有测胶回收的片段浓度啊?我给你份PGEM-T的说明书,你好好看看。
8楼2014-09-10 09:55:30
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-10 18:16:19
好好看下。

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  • 2014-09-10 09:55:38, 464.85 K
9楼2014-09-10 09:56:10
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2014-09-10 09:56:10
好好看下。

PGEM-T和PMD-T的序列差不多,你可以看下注意事项和疑难解答。
10楼2014-09-10 09:57:36
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