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culferry铁杆木虫 (小有名气)
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[求助]
荧光定量PCR检测植物mRNA表达情况，现在仅知道蛋白名称，不知道该如何下手。 已有1人参与
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荧光定量PCR检测植物mRNA表达情况，现在仅知道蛋白名称，不知道如何下手，求高手指点！ 我要检测表达的蛋白是： 1、邻氨基苯甲酸合成酶（Anthranilate Synthase，AS）； 2、色氨酸合成酶（Tryptophan synthase，TSB）； 3、异胡豆苷-β-D-葡萄糖苷酶（Strictosidine-β-D-glucosidase，SGD）； 4、细胞色素P450氧化还原酶（Cytochrome P450 Reductase, CPR）。 能否帮忙设计一下荧光定量PCR引物，或者指点一下怎么设计，谢谢！我是新手请多指教！ |
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culferry
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3楼2014-08-29 17:13:55
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
culferry: 金币+10, ★★★很有帮助, 指明了方向 2014-08-29 17:15:35
感谢参与，应助指数 +1
culferry: 金币+10, ★★★很有帮助, 指明了方向 2014-08-29 17:15:35
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这个问题我来解答。 1. NCBI搜这些基因（一般蛋白和基因名字是一样的），这时候分为两种情况： （1）在你研究的物种中已有报道该序列，那么简单了，直接设计引物pcr200bp左右，ok就直接上qPCR （2）没有报道你物种的该基因，那么又有两种情况 （a）已测转录组或基因组，从注释后的库里找出你的基因或者部分，设计引物pcr方法同上 （b）什么都没有，那就从别的物种中找这个基因，肯定有很多，找和你物种接近的，比如都是菊科的植物，然后blast，找到保守区域，设计引物PCR方法同上 明白了吗？ 具体那种情况告诉我 ，我在帮你分析下！  |
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2楼2014-08-26 17:32:23
lf6220
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4楼2014-08-29 19:35:13
culferry
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5楼2014-09-01 17:16:26
