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culferry

铁杆木虫 (小有名气)

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[求助] 荧光定量PCR检测植物mRNA表达情况，现在仅知道蛋白名称，不知道该如何下手。已有1人参与

荧光定量PCR检测植物mRNA表达情况，现在仅知道蛋白名称，不知道如何下手，求高手指点！
我要检测表达的蛋白是：
1、邻氨基苯甲酸合成酶（Anthranilate Synthase，AS）；
2、色氨酸合成酶（Tryptophan synthase，TSB）；
3、异胡豆苷-β-D-葡萄糖苷酶（Strictosidine-β-D-glucosidase，SGD）；
4、细胞色素P450氧化还原酶（Cytochrome P450 Reductase, CPR）。
能否帮忙设计一下荧光定量PCR引物，或者指点一下怎么设计，谢谢！我是新手请多指教！

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1楼 2014-08-26 17:22:48

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令狐少陈

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
culferry: 金币+10, ★★★很有帮助, 指明了方向 2014-08-29 17:15:35

这个问题我来解答。
1. NCBI搜这些基因（一般蛋白和基因名字是一样的），这时候分为两种情况：
（1）在你研究的物种中已有报道该序列，那么简单了，直接设计引物pcr200bp左右，ok就直接上qPCR
（2）没有报道你物种的该基因，那么又有两种情况
（a）已测转录组或基因组，从注释后的库里找出你的基因或者部分，设计引物pcr方法同上
（b）什么都没有，那就从别的物种中找这个基因，肯定有很多，找和你物种接近的，比如都是菊科的植物，然后blast，找到保守区域，设计引物PCR方法同上
明白了吗？
具体那种情况告诉我，我在帮你分析下！

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culferry

多多交流，海纳百川

2楼2014-08-26 17:32:23

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culferry

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 令狐少陈 at 2014-08-26 17:32:23
这个问题我来解答。
1. NCBI搜这些基因（一般蛋白和基因名字是一样的），这时候分为两种情况：
（1）在你研究的物种中已有报道该序列，那么简单了，直接设计引物pcr200bp左右，ok就直接上qPCR
（2）没有报道你物 ...

是没人做过的植物啊！属（b）啊！能否帮我设计一下呢？非常谢谢！

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3楼2014-08-29 17:13:55

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