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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请教一个关于分子键长维持的问题
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[交流] 请教一个关于分子键长维持的问题

最近写程序有个疑问，一般来说分子的构形（也就是分子的键长键角）我们都是通过受限算法来维持的，那么说分子的键接力场以及键角力场都已经包含或者应用在受限算法里了，但是这些键接力场参数是变化的，另外我看到AMBER力场中的键接力场中的键接常数是一个固定值，这两种方法是需要同时运用呢，还是任选其中一种就行（我的感觉是有一种就行），如果任选一种就行那么这两种方法各有什么优缺点呢？
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1楼 2014-08-26 09:41:36
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-08-26 13:56:44
我觉得限定键长键角为固定值的算法，在长时间、大分子模拟中会节省很多时间

那这是不是说使用shake、linc之类的受限算法要快？这感觉不对吧，按理说肯定是restraint快啊
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5楼2014-11-13 17:07:50
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)
上面的两种方法是不是所谓的隐式受限算法（implicit constraints)和显示受限算法（explicit constraints)?
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2楼2014-08-26 09:56:24
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chenjingzhi: 金币+2, “键长键角受环境影响”挺有启发的 2014-08-26 16:30:59
我觉得实际情况中，键长键角，往往受周围原子的影响，应该不是固定值，不同地方的C-H键就不一定会一样

amber我不清楚，你可以试试用amber模拟一个小分子，然后看键长键角是否等于amber力场中的固定值
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-08-26 13:54:52
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
chenjingzhi: 金币+1 2014-11-13 17:07:58
我觉得限定键长键角为固定值的算法，在长时间、大分子模拟中会节省很多时间
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-08-26 13:56:44
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