24小时热门版块排行榜    

查看: 1049  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[交流] 请教一个关于分子键长维持的问题

最近写程序有个疑问,一般来说分子的构形(也就是分子的键长键角)我们都是通过受限算法来维持的,那么说分子的键接力场以及键角力场都已经包含或者应用在受限算法里了,但是这些键接力场参数是变化的,另外我看到AMBER力场中的键接力场中的键接常数是一个固定值,这两种方法是需要同时运用呢,还是任选其中一种就行(我的感觉是有一种就行),如果任选一种就行那么这两种方法各有什么优缺点呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪


chenjingzhi: 金币+1 2014-11-13 17:07:58
我觉得限定键长键角为固定值的算法,在长时间、大分子模拟中会节省很多时间
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-08-26 13:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

chenjingzhi

金虫 (小有名气)

上面的两种方法是不是所谓的隐式受限算法(implicit constraints)和显示受限算法(explicit constraints)?
2楼2014-08-26 09:56:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chenjingzhi: 金币+2, “键长键角受环境影响”挺有启发的 2014-08-26 16:30:59
我觉得实际情况中,键长键角,往往受周围原子的影响,应该不是固定值,不同地方的C-H键就不一定会一样

amber我不清楚,你可以试试用amber模拟一个小分子,然后看键长键角是否等于amber力场中的固定值
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-08-26 13:54:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenjingzhi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-08-26 13:56:44
我觉得限定键长键角为固定值的算法,在长时间、大分子模拟中会节省很多时间

那这是不是说使用shake、linc之类的受限算法要快?这感觉不对吧,按理说肯定是restraint快啊
5楼2014-11-13 17:07:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 +4 晴天加油 2026-08-26 5/250 2026-08-26 21:27 by 木风9012
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
信息提示
请填处理意见