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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » VMD作图时的问题
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panger

金虫 (小有名气)

[求助] VMD作图时的问题 已有1人参与

用Multiwfn做过拓扑学分析以后，导出鞍点和键径的pdb文件，在处理鞍点的颜色时VDM的Graphics-Representation里面的Selected Atoms输入name C为什么选择的结果是全部原子？难道VDM只能区别不同类型的鞍点？不能区分原子？我做的是亚硝酸甲酯，不同原子怎么选择？键鞍点的颜色又怎么选择？望高手解答，谢谢。
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1楼 2014-08-25 16:56:07
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-08-25 20:01:19
panger: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-08-25 22:59:11
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如果要显示(3,+3)，就输入name F
若修改临界点的颜色，把Coloring method设为Color ID，选择相应的颜色即可

此帖有详细说明，建议你先做做文中的例子
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://hi.baidu.com/sobereva/item/40c03f072667a931a3332a8e
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2楼2014-08-25 18:41:20
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panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

谢谢，我其实已经做过您写的例子了。我再试一下。
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3楼2014-08-25 22:59:59
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panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般对应的不是原子核吗？而(3,-1)对应的是键鞍点，(3,+1)/(3,+3)不是环鞍点和笼鞍点之类的吗？为什么对应的是元素呢？实在是有点迷糊，希望麻烦您帮我讲讲，谢谢。
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4楼2014-08-25 23:20:48
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by panger at 2014-08-25 23:20:48
另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般 ...

pdb是通用的记录原子坐标的格式，VMD、gview等程序都支持。Multiwfn的拓扑分析能寻找出各种类型的临界点，为了能让这些临界点也能在VMD中观看，于是允许将它们的坐标导出为pdb文件。pdb文件本来是记录原子坐标的，Multiwfn只不过是“借用”pdb格式来记录临界点而已。什么元素表示什么类型临界点是任意定义的，由于CHON是最常见的四种元素，我就人为地让它们对应于那四种临界点。
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5楼2014-08-26 03:41:57
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
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4楼: Originally posted by panger at 2014-08-25 23:20:48
另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般 ...

CPs.pdb里只是记录临界点的位置，和分子结构、原子核位置都毫无关系。
把分子结构的pdb文件和CPs.pdb都载入到VMD里，就既看见分子结构也看见临界点位置了。
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6楼2014-08-26 03:43:35
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panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-26 03:41:57
pdb是通用的记录原子坐标的格式，VMD、gview等程序都支持。Multiwfn的拓扑分析能寻找出各种类型的临界点，为了能让这些临界点也能在VMD中观看，于是允许将它们的坐标导出为pdb文件。pdb文件本来是记录原子坐标的， ...

谢谢您，实在是太感谢了。
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7楼2014-08-26 10:02:04
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Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

您好看您使用VMD很熟悉，我现在想计算RMSD但是一直提示没有选定原子是神么原因？
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8楼2015-12-24 09:45:47
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