应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » VMD作图时的问题
51/1返回列表
查看: 2581  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

panger

金虫 (小有名气)

[求助] VMD作图时的问题 已有1人参与

用Multiwfn做过拓扑学分析以后，导出鞍点和键径的pdb文件，在处理鞍点的颜色时VDM的Graphics-Representation里面的Selected Atoms输入name C为什么选择的结果是全部原子？难道VDM只能区别不同类型的鞍点？不能区分原子？我做的是亚硝酸甲酯，不同原子怎么选择？键鞍点的颜色又怎么选择？望高手解答，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-25 16:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by panger at 2014-08-25 23:20:48
另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般 ...

pdb是通用的记录原子坐标的格式，VMD、gview等程序都支持。Multiwfn的拓扑分析能寻找出各种类型的临界点，为了能让这些临界点也能在VMD中观看，于是允许将它们的坐标导出为pdb文件。pdb文件本来是记录原子坐标的，Multiwfn只不过是“借用”pdb格式来记录临界点而已。什么元素表示什么类型临界点是任意定义的，由于CHON是最常见的四种元素，我就人为地让它们对应于那四种临界点。
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-26 03:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-08-25 20:01:19
panger: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-08-25 22:59:11
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如果要显示(3,+3)，就输入name F
若修改临界点的颜色，把Coloring method设为Color ID，选择相应的颜色即可

此帖有详细说明，建议你先做做文中的例子
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://hi.baidu.com/sobereva/item/40c03f072667a931a3332a8e
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-25 18:41:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

谢谢，我其实已经做过您写的例子了。我再试一下。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-25 22:59:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般对应的不是原子核吗？而(3,-1)对应的是键鞍点，(3,+1)/(3,+3)不是环鞍点和笼鞍点之类的吗？为什么对应的是元素呢？实在是有点迷糊，希望麻烦您帮我讲讲，谢谢。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-25 23:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-24 21:59 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭