应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » VMD作图时的问题
81/1返回列表
查看: 2257  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

panger

金虫 (小有名气)

[求助] VMD作图时的问题 已有1人参与

用Multiwfn做过拓扑学分析以后，导出鞍点和键径的pdb文件，在处理鞍点的颜色时VDM的Graphics-Representation里面的Selected Atoms输入name C为什么选择的结果是全部原子？难道VDM只能区别不同类型的鞍点？不能区分原子？我做的是亚硝酸甲酯，不同原子怎么选择？键鞍点的颜色又怎么选择？望高手解答，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-25 16:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-08-25 20:01:19
panger: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-08-25 22:59:11
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如果要显示(3,+3)，就输入name F
若修改临界点的颜色，把Coloring method设为Color ID，选择相应的颜色即可

此帖有详细说明，建议你先做做文中的例子
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://hi.baidu.com/sobereva/item/40c03f072667a931a3332a8e
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-25 18:41:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

谢谢，我其实已经做过您写的例子了。我再试一下。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-25 22:59:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般对应的不是原子核吗？而(3,-1)对应的是键鞍点，(3,+1)/(3,+3)不是环鞍点和笼鞍点之类的吗？为什么对应的是元素呢？实在是有点迷糊，希望麻烦您帮我讲讲，谢谢。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-25 23:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by panger at 2014-08-25 23:20:48
另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般 ...

pdb是通用的记录原子坐标的格式，VMD、gview等程序都支持。Multiwfn的拓扑分析能寻找出各种类型的临界点，为了能让这些临界点也能在VMD中观看，于是允许将它们的坐标导出为pdb文件。pdb文件本来是记录原子坐标的，Multiwfn只不过是“借用”pdb格式来记录临界点而已。什么元素表示什么类型临界点是任意定义的，由于CHON是最常见的四种元素，我就人为地让它们对应于那四种临界点。
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-26 03:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by panger at 2014-08-25 23:20:48
另外，在您的例子中曾经提到的“碳/氮/氧/氟分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。为什么我看到的只是各种临界点的数目，并没有与各种元素相对应？由于是刚刚接触拓扑学分析，有些问题并不是很明白，(3,-3)一般 ...

CPs.pdb里只是记录临界点的位置，和分子结构、原子核位置都毫无关系。
把分子结构的pdb文件和CPs.pdb都载入到VMD里，就既看见分子结构也看见临界点位置了。
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-26 03:43:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panger

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-26 03:41:57
pdb是通用的记录原子坐标的格式，VMD、gview等程序都支持。Multiwfn的拓扑分析能寻找出各种类型的临界点，为了能让这些临界点也能在VMD中观看，于是允许将它们的坐标导出为pdb文件。pdb文件本来是记录原子坐标的， ...

谢谢您，实在是太感谢了。
赞一下 回复此楼
7楼2014-08-26 10:02:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-25 18:41:20
先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。
CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如 ...

您好看您使用VMD很熟悉，我现在想计算RMSD但是一直提示没有选定原子是神么原因？
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-24 09:45:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 panger 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境学硕288求调剂 +6 皮皮皮123456 2026-03-22 6/300 2026-03-22 16:52 by i_cooler
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +3 vv迷 2026-03-22 3/150 2026-03-22 15:18 by 杨杨杨紫
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +3 幸运的酱酱 2026-03-22 4/200 2026-03-22 15:06 by allen-yin
[考研] 070300化学求调剂 +3 苑豆豆 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:48 by ColorlessPI
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 求调剂 +7 Auroracx 2026-03-22 7/350 2026-03-22 12:38 by 素颜倾城1988
[考研] 一志愿070300浙大化学358分，求调剂！ +3 酥酥鱼.. 2026-03-21 3/150 2026-03-22 11:31 by 杨杨杨紫
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +5 生物工程调剂 2026-03-17 9/450 2026-03-21 23:32 by zhujy1982
[考研] 化学调剂 +5 yzysaa 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:12 by peike
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 333求调剂 +5 87639 2026-03-21 7/350 2026-03-21 19:31 by ColorlessPI
[考研] 一志愿南大，0703化学，分数336，求调剂 +3 收到VS 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:42 by 学员8dgXkO
[考研] 工科0856求调剂 +3 沐析汀汀 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:30 by 学员8dgXkO
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭