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panger金虫 (小有名气)
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VMD作图时的问题 已有1人参与
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| 用Multiwfn做过拓扑学分析以后，导出鞍点和键径的pdb文件，在处理鞍点的颜色时VDM的Graphics-Representation里面的Selected Atoms输入name C为什么选择的结果是全部原子？难道VDM只能区别不同类型的鞍点？不能区分原子？我做的是亚硝酸甲酯，不同原子怎么选择？键鞍点的颜色又怎么选择？望高手解答，谢谢。 |
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6楼2014-08-26 03:43:35
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先确认你已经找出了各种类型的临界点，并且载入到VMD里的是Multiwfn输出的CPs.pdb。 CPs.pdb里，C/N/O/F分别对应(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型临界点。因此你要显示比如(3,-1)，selected atoms里就输入name C，如果要显示(3,+3)，就输入name F 若修改临界点的颜色，把Coloring method设为Color ID，选择相应的颜色即可 此帖有详细说明，建议你先做做文中的例子 Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图 http://hi.baidu.com/sobereva/item/40c03f072667a931a3332a8e |
2楼2014-08-25 18:41:20
panger
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