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秋之愚

新虫 (正式写手)

[求助] 径向分布函数怎么画 已有1人参与

求助各位大神,我在做Lennard-Jones势流体的分子动力学模拟时,能量图基本上已经画出来了,可径向分布函数的计算怎么弄都弄不出来,能有人帮帮我吗?在给出来的这个程序中switch在主程序中该怎么调用啊???
subroutine gr(switch,box,density,rx,ry,rz,g)
dimension rx(108),ry(108),rz(108),g(125)
double precision rx,ry,rz,g
double precision delg,pi,box,r22,rr,density,nid
integer ngr,ig,nhis,switch
nhis=125
delg = box/(2*nhis)
pi=3.1415926

! if (switch.eq.0)then
  ngr=0
  !delg=box/(2*nhis)
  do i=1,nhis
  g(i)=0

  enddo
! elseif (switch.eq.1)then
  ngr=ngr+1
  do i=1,107
     do j=i+1,108
    xr=rx(i)-rx(j)
        xr=xr-box*nint(xr/box)
        yr=ry(i)-ry(j)
        yr=yr-box*nint(yr/box)
        zr=rz(i)-rz(j)
        zr=zr-box*nint(zr/box)
        r22=xr*xr+yr*yr+zr*zr
        rr=sqrt(r22)
               if(rr.lt.box/2) then
                 ig=int(rr/delg)
                 g(ig)=g(ig)+2
               endif
          enddo
enddo
! elseif(switch.eq.2) then
   do i=1,nhis
      r=delg*(i+0.5)
          vb=((i+1)**3-i**3)*delg**3
          nid=(4/3)*pi*vb*density
          g(i)=g(i)/(ngr*108.0*nid)
  write(*,*) nid,r,g(i)
   enddo
!   endif
   return
   end
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快乐学习,学习快乐
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dummy1

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
秋之愚: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-14 19:01:36
It is easy to get the RDF with VMD if you have the trajectory of  your system in XYZ format.
3楼2014-08-14 02:45:40
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查看全部 6 个回答

秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dummy1 at 2014-08-14 02:45:40
It is easy to get the RDF with VMD if you have the trajectory of  your system in XYZ format.

恩,谢谢你,这个我已经看懂了,顺便问一下LJ粒子系统的速度相关函数该怎么理解。。。
快乐学习,学习快乐
4楼2014-08-14 19:01:25
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dummy1

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 秋之愚 at 2014-08-14 19:01:25
恩,谢谢你,这个我已经看懂了,顺便问一下LJ粒子系统的速度相关函数该怎么理解。。。...

速度相关函数其实就是自相关函数,他是描述t时刻的和零时刻的速度的相关性,一般长时间以后都是趋于零。 通常用来计算体系的光谱或者扩散系数。
5楼2014-08-16 02:33:13
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秋之愚

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by dummy1 at 2014-08-16 02:33:13
速度相关函数其实就是自相关函数,他是描述t时刻的和零时刻的速度的相关性,一般长时间以后都是趋于零。 通常用来计算体系的光谱或者扩散系数。...

恩,谢谢啦,现在对这些概念有些基本的了解了,能留个联系方式吗,我这才刚刚开始,以后肯定还有很多问题会请教你的.......
快乐学习,学习快乐
6楼2014-08-16 16:09:07
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