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Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值 已有1人参与
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如题：小弟利用Dmol3 模块进行周期性分子筛结构下的催化反应TS search 过程，经过40几个小时的计算，算出来了过渡态，之后再 Vibrational Analysis中出现了2个虚频(-264和-25)其他的都不是虚频，但是没有对应的强度值(Intensity)，自己琢磨的很久，不知道哪里出现了问题，想请教坛里的大神这方面的经验。下面是我的两张图： 该数据应楼主要求删除。 [ Last edited by franch on 2014-8-12 at 15:46 ] |
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franch: 金币+5, 鼓励交流。。。 2014-08-11 17:47:14
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表面的热力学可以参考以下文献： David Loffreda，Surface Science 600 (2006) 2103–2112 其中，引言里有这样一段话： The vibrational energy and entropy contributions of the adsorbed phase should also be significant since the reactant loses translational and rotational energy during the chemisorption process. 烷基的确可以转动，但是存在能垒。我认为大部分情况下，这样的能垒是很大的。因此我们不需要考虑吸附态的转动能。 如果你坚持认为吸附态有转动能，请给出参考文献或其它证据。 此外，计算转动能用一个很简单的公式就能搞定。 |
24楼2014-08-10 23:02:02
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30楼2014-08-10 23:28:36
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franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:41:24
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你可以比较一下分子放在很大的格子(PBC & Gamma Points)和自由态（非PBC)的区别。 这有可能和统计方式有关，看了一下计算的振动模式似乎有转动混入。 否则根本不必做复杂的热化学循环http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3695520。 |
8楼2014-08-10 19:14:08
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Dmol3是把非周期性体系当做气态分子处理，吉布斯能包含了Translational, rotational, vibrational 及ZPE的贡献。 而对于周期性体系（即使你把气体分子放入周期性盒子），Dmol3是当成固态来处理，所以吉布斯能只包括了vibrational 及ZPE的贡献。 对于同一分子，两种模型算出来的吉布斯能当然不一样。 那个帖子的论文，没有这种方法算。而是设置DFT在0K下的总能为参考态，H和S的变化取实验值。 |
9楼2014-08-10 19:24:57
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