应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值
312/4返回列表上一页1234下一页
查看: 2098  |  回复: 30
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

huxiao.gl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 19:33:22
对于气态分子平均自由程相对大，振转平均存在，如果按照估计的统计方式显然物理意义缺失，并且振动能也不一样。。。同样表面体系分子个别基团仍然不丧失转动，这样物理意义也缺失了吧？

既然能够算的H和S，为何 ...

前半句没看明白。
对于同一分子，周期和非周期模型算出来的振动能是一样的。
对于吸附体系，不需要考虑转动能。分子都固定到表面上了，何来转动一说。

ab initio thermodynamics，对于气体分子一般都是取实验值。当然，H和S也能算出来，但理论值和实验值是吻合的。
赞一下 回复此楼
good luck
11楼2014-08-10 19:58:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:42:52
引用回帖:
11楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-08-10 19:58:01
前半句没看明白。
对于同一分子，周期和非周期模型算出来的振动能是一样的。
对于吸附体系，不需要考虑转动能。分子都固定到表面上了，何来转动一说。

ab initio thermodynamics，对于气体分子一般都是取实验 ...

你自己可以算两个例子试试看看振动能是否一致，这个问题我和创腾的人好好聊过了。

比如三甲胺，吸附后甲基仍然可以转动。

计算得到的结果和实验吻合对于气体原则一致，如果按照气态统计，表面就未必了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
12楼2014-08-10 20:06:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingtao

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 18:12:48
要不然考虑加上OPT_GDIIS的关键字，并且使用直角坐标。...

请问一下，这个关键字OPT_GDIIS怎样加入呢？我检查了一下那个参数设置的面板，没有的
赞一下 回复此楼
13楼2014-08-10 20:12:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:50:59
引用回帖:
12楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 20:06:36
你自己可以算两个例子试试看看振动能是否一致，这个问题我和创腾的人好好聊过了。

比如三甲胺，吸附后甲基仍然可以转动。

计算得到的结果和实验吻合对于气体原则一致，如果按照气态统计，表面就未必了。
...

这个我之前已经算过了，并且是和其他软件，QE和CASTEP进行过比较。
振动肯定不能完全一样，但是算出来的ZPE和吉布斯能在正常的误差范围内（0.01eV)。这个误差至少比吸附能的误差还要小很多。

这种分子转动肯定是有能垒的，能不能发生还得看温度和具体的表面。
能否提供相关文献，我也想学习学习。

表面的实验数据不多，的确没比较过。如果能找到相关实验数据，也可以验证一下。
赞一下 回复此楼
good luck
14楼2014-08-10 20:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
14楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-08-10 20:29:08
这个我之前已经算过了，并且是和其他软件，QE和CASTEP进行过比较。
振动肯定不能完全一样，但是算出来的ZPE和吉布斯能在正常的误差范围内（0.01eV)。这个误差至少比吸附能的误差还要小很多。

这种分子转动肯定 ...

不，所有平面波方法必须是有周期边界的，这样的话结果不会有什么不同，这是相同理论方法之间的比较，统计的方式也是根据Debye的理论。

Dmol3这个程序用的原子轨道方法，不必要求有边界条件。这样就可以做比较，Dmol3同样用大边界、k=gamma与不采用边界的结果作比较，起初我认为会有一样的结果，但经测试的结果是不一样的。气态是根据理想气体统计，固体的统计方式尚不明确。

分子转动的处理我也没资料，目前没见过有能够完全处理这方面的程序。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
15楼2014-08-10 20:43:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingtao(franch代发): 金币+10, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:44:10
引用回帖:
13楼: Originally posted by lingtao at 2014-08-10 20:12:43
请问一下，这个关键字OPT_GDIIS怎样加入呢？我检查了一下那个参数设置的面板，没有的...

不好意思，回复晚了，刚刚在路上骑车。。

这个问题在图形界面下实现不了。首先先在Dmol3 Calculation下面save files，生成的文件有个input的文件，然后添入下面两行：
Opt_Coordinate_System                  cartesian
Opt_GDIIS                                     on
保存后点开Dmol3 Calculation的对话框，然后run files。

这里有几点做适当解释，首先，因为前面的讨论的问题，因为freq计算的不一定靠谱，所以优化得到的结果是否靠谱我不敢保证。其次，Opt_Coordinate_System 的作用是这样的，因为GDIIS的方法只能适用于直角坐标，因此才有这个选项。另外，GDIIS对于这样的优化是否完全有改善，这点我不完全确定。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
16楼2014-08-10 20:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huxiao.gl

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+8, 鼓励交流。。。鼓励DIY。。。呵呵。。 2014-08-11 17:44:59
引用回帖:
15楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 20:43:23
不，所有平面波方法必须是有周期边界的，这样的话结果不会有什么不同，这是相同理论方法之间的比较，统计的方式也是根据Debye的理论。

Dmol3这个程序用的原子轨道方法，不必要求有边界条件。这样就可以做比较， ...

我刚才用Dmol3算了H2O分子的频率，的确没有区别，你要不信自己再试试。
实验值：1594.7， 3651.1，3755.9
Dmol3非周期模型： 1614.7， 3730.1 ， 3845.4
DMol3周期模型，边长1nm： 1615.4，  3729.9 ，3844.4
对应的ZPE分别是0.56eV，0.57eV，0.57eV
赞一下(1人) 回复此楼
good luck
17楼2014-08-10 21:01:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:45:09
引用回帖:
17楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-08-10 21:01:34
我刚才用Dmol3算了H2O分子的频率，的确没有区别，你要不信自己再试试。
实验值：1594.7， 3651.1，3755.9
Dmol3非周期模型： 1614.7， 3730.1 ， 3845.4
DMol3周期模型，边长1nm： 1615.4，  3729.9 ，3844.4
...

你可以看看热化学数据，热化学数据完全对不上。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
18楼2014-08-10 21:22:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:45:29
引用回帖:
18楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 21:22:16
你可以看看热化学数据，热化学数据完全对不上。...

我已经在第二个帖子回答这个问题了。
热化学数据不一样，是因为DMol3不知道你算的到底是分子还是固体。这最多只能说明软件的设计不合理，而不能说明软件的算法有问题。
只需要知道振动频率，热力学数据完全可以自己算出来。
显然，无论是周期模型还是非周期模型，Dmol3算出来的结果是一样的。
赞一下 回复此楼
good luck
19楼2014-08-10 21:38:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:45:46
引用回帖:
19楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-08-10 21:38:38
我已经在第二个帖子回答这个问题了。
热化学数据不一样，是因为DMol3不知道你算的到底是分子还是固体。这最多只能说明软件的设计不合理，而不能说明软件的算法有问题。
只需要知道振动频率，热力学数据完全可以自 ...

我认为不是这样，转动的统计对于表面而言处理起来非常难做，和涉及没关系，这是单纯采用统计方式的问题。所谓的设计说回来还是算法的问题。就像前面讨论的，处理表面体系转动程序我没见到过。

我印象中计算出来有些分子振动模式差异会不小。ZPE这样的话我不确定我是否真的记错了，可能年龄大了记性不好了。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
20楼2014-08-10 21:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Zeochem 的主题更新
312/4返回列表上一页1234下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 准备明年的基金了 +7 Tide man 2026-07-27 7/350 2026-08-02 16:43 by gltch
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 9/450 2026-08-02 16:32 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:32 by jHcrHMhbKCFV
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:24 by jHcrHMhbKCFV
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +18 低垂的野花 2026-07-31 24/1200 2026-08-02 16:03 by swallowwh
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +9 archvillain 2026-08-02 11/550 2026-08-02 15:44 by alexon
[找工作] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 12/600 2026-08-02 13:43 by jHcrHMhbKCFV
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 13:34 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 21/1050 2026-08-02 10:56 by iaeyuan
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 10/500 2026-08-02 10:00 by 锦衣卫寒战
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭