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lingtao

银虫 (正式写手)

[求助] Dmol3 中经行周期性结构TS过程, Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值 已有1人参与

如题:小弟利用Dmol3 模块进行周期性分子筛结构下的催化反应TS search 过程,经过40几个小时的计算,算出来了过渡态,之后再 Vibrational Analysis中出现了2个虚频(-264和-25)其他的都不是虚频,但是没有对应的强度值(Intensity),自己琢磨的很久,不知道哪里出现了问题,想请教坛里的大神这方面的经验。下面是我的两张图:

该数据应楼主要求删除。

[ Last edited by franch on 2014-8-12 at 15:46 ]
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+5, 鼓励交流。。。 2014-08-11 17:47:14
引用回帖:
22楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 22:33:39
我没遇到到过表面处理热化学的,最多通过这样修正ZPE。

可以想象个分子,一段吸附在金属表面,整体虽然不能像原来那样转动,但是上侧的支链上的烷基转动其实丝毫不影响。

问题在于,要这样识别转动的片段我觉 ...

表面的热力学可以参考以下文献:
David Loffreda,Surface Science 600 (2006) 2103–2112
其中,引言里有这样一段话:
The vibrational energy and entropy contributions of the adsorbed phase should also be significant since the reactant loses translational and rotational energy during the chemisorption process.

烷基的确可以转动,但是存在能垒。我认为大部分情况下,这样的能垒是很大的。因此我们不需要考虑吸附态的转动能。
如果你坚持认为吸附态有转动能,请给出参考文献或其它证据。

此外,计算转动能用一个很简单的公式就能搞定。
good luck
24楼2014-08-10 23:02:02
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:38:54
要对TS的构型计算了频率才有频率的强度。你可以在得到的构型上计算能量及性质中的频率。

另外表面体系dmol3计算频率尤其小心,仅可作为参考,零点能及热化学性质不具备明确,一般也不会按照这样的方式来处理。做个过渡态确定还是很有必要的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-08-10 11:48:11
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lingtao

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 11:48:11
要对TS的构型计算了频率才有频率的强度。你可以在得到的构型上计算能量及性质中的频率。

另外表面体系dmol3计算频率尤其小心,仅可作为参考,零点能及热化学性质不具备明确,一般也不会按照这样的方式来处理。做 ...

你好,先谢谢你了,我在搜索过渡态的时候,已经勾选上了Frequence这一项了,我的构型是附件这样的。想请问你一下,搜索过渡态的时候,频率的强度值是不是不重要?有虚频的存在就行了吧?因为我找到虚频了
Dmol3 中经行周期性结构TS过程, Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值
计算参数3.png


Dmol3 中经行周期性结构TS过程, Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值-1
过渡态文件.png

3楼2014-08-10 12:03:51
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:40:52
lingtao(franch代发): 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:50:30
引用回帖:
3楼: Originally posted by lingtao at 2014-08-10 12:03:51
你好,先谢谢你了,我在搜索过渡态的时候,已经勾选上了Frequence这一项了,我的构型是附件这样的。想请问你一下,搜索过渡态的时候,频率的强度值是不是不重要?有虚频的存在就行了吧?因为我找到虚频了

计算参数 ...

强度没那么重要,但正确的过渡态应该只有一个虚频。你这有两个。这种情况只能试试做个过渡态的优化。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2014-08-10 14:53:05
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