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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值
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lingtao

银虫 (正式写手)

[求助] Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值 已有1人参与

如题：小弟利用Dmol3 模块进行周期性分子筛结构下的催化反应TS search 过程，经过40几个小时的计算，算出来了过渡态，之后再 Vibrational Analysis中出现了2个虚频(-264和-25)其他的都不是虚频，但是没有对应的强度值(Intensity)，自己琢磨的很久，不知道哪里出现了问题，想请教坛里的大神这方面的经验。下面是我的两张图：

该数据应楼主要求删除。

[ Last edited by franch on 2014-8-12 at 15:46 ]
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1楼 2014-08-09 15:48:16
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:46:44
引用回帖:
21楼: Originally posted by huxiao.gl at 2014-08-10 22:25:19
我算的是H2O分子，不是表面吸附！DMol3只是目前无法“分辨”分子和固体而已。
我接触过的文献都是忽略表面分子的转动。
因为如果是稳定的吸附，分子就被固定在表面了，是无法像气体分子那样自由旋转的。吸附分子 ...

我没遇到到过表面处理热化学的，最多通过这样修正ZPE。

可以想象个分子，一段吸附在金属表面，整体虽然不能像原来那样转动，但是上侧的支链上的烷基转动其实丝毫不影响。

问题在于，要这样识别转动的片段我觉得应该行不通，也没见过能够处理的程序。这大概是这个程序周期体系转动没办法算的原因吧。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
22楼2014-08-10 22:33:39
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:38:54
要对TS的构型计算了频率才有频率的强度。你可以在得到的构型上计算能量及性质中的频率。

另外表面体系dmol3计算频率尤其小心，仅可作为参考，零点能及热化学性质不具备明确，一般也不会按照这样的方式来处理。做个过渡态确定还是很有必要的。
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2楼2014-08-10 11:48:11
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lingtao

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 11:48:11
要对TS的构型计算了频率才有频率的强度。你可以在得到的构型上计算能量及性质中的频率。

另外表面体系dmol3计算频率尤其小心，仅可作为参考，零点能及热化学性质不具备明确，一般也不会按照这样的方式来处理。做 ...

你好，先谢谢你了，我在搜索过渡态的时候，已经勾选上了Frequence这一项了，我的构型是附件这样的。想请问你一下，搜索过渡态的时候，频率的强度值是不是不重要？有虚频的存在就行了吧？因为我找到虚频了
Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值
计算参数3.png


Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值-1
过渡态文件.png
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3楼2014-08-10 12:03:51
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:40:52
lingtao(franch代发): 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:50:30
引用回帖:
3楼: Originally posted by lingtao at 2014-08-10 12:03:51
你好，先谢谢你了，我在搜索过渡态的时候，已经勾选上了Frequence这一项了，我的构型是附件这样的。想请问你一下，搜索过渡态的时候，频率的强度值是不是不重要？有虚频的存在就行了吧？因为我找到虚频了

计算参数 ...

强度没那么重要，但正确的过渡态应该只有一个虚频。你这有两个。这种情况只能试试做个过渡态的优化。
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4楼2014-08-10 14:53:05
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