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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值
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lingtao

银虫 (正式写手)

[求助] Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值 已有1人参与

如题：小弟利用Dmol3 模块进行周期性分子筛结构下的催化反应TS search 过程，经过40几个小时的计算，算出来了过渡态，之后再 Vibrational Analysis中出现了2个虚频(-264和-25)其他的都不是虚频，但是没有对应的强度值(Intensity)，自己琢磨的很久，不知道哪里出现了问题，想请教坛里的大神这方面的经验。下面是我的两张图：

该数据应楼主要求删除。

[ Last edited by franch on 2014-8-12 at 15:46 ]
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1楼 2014-08-09 15:48:16
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huxiao.gl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:41:45
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 19:14:08
你可以比较一下分子放在很大的格子(PBC & Gamma Points)和自由态（非PBC)的区别。

这有可能和统计方式有关，看了一下计算的振动模式似乎有转动混入。

否则根本不必做复杂的热化学循环http://muchong.com/b ...

Dmol3是把非周期性体系当做气态分子处理，吉布斯能包含了Translational, rotational, vibrational 及ZPE的贡献。
而对于周期性体系（即使你把气体分子放入周期性盒子），Dmol3是当成固态来处理，所以吉布斯能只包括了vibrational 及ZPE的贡献。
对于同一分子，两种模型算出来的吉布斯能当然不一样。

那个帖子的论文，没有这种方法算。而是设置DFT在0K下的总能为参考态，H和S的变化取实验值。
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good luck
9楼2014-08-10 19:24:57
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:38:54
要对TS的构型计算了频率才有频率的强度。你可以在得到的构型上计算能量及性质中的频率。

另外表面体系dmol3计算频率尤其小心，仅可作为参考，零点能及热化学性质不具备明确，一般也不会按照这样的方式来处理。做个过渡态确定还是很有必要的。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-08-10 11:48:11
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lingtao

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-08-10 11:48:11
要对TS的构型计算了频率才有频率的强度。你可以在得到的构型上计算能量及性质中的频率。

另外表面体系dmol3计算频率尤其小心，仅可作为参考，零点能及热化学性质不具备明确，一般也不会按照这样的方式来处理。做 ...

你好，先谢谢你了，我在搜索过渡态的时候，已经勾选上了Frequence这一项了，我的构型是附件这样的。想请问你一下，搜索过渡态的时候，频率的强度值是不是不重要？有虚频的存在就行了吧？因为我找到虚频了
Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值
计算参数3.png


Dmol3 中经行周期性结构TS过程， Vibrational Analysis中出现可虚频但是没有强度值-1
过渡态文件.png
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3楼2014-08-10 12:03:51
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:40:52
lingtao(franch代发): 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-08-11 17:50:30
引用回帖:
3楼: Originally posted by lingtao at 2014-08-10 12:03:51
你好，先谢谢你了，我在搜索过渡态的时候，已经勾选上了Frequence这一项了，我的构型是附件这样的。想请问你一下，搜索过渡态的时候，频率的强度值是不是不重要？有虚频的存在就行了吧？因为我找到虚频了

计算参数 ...

强度没那么重要，但正确的过渡态应该只有一个虚频。你这有两个。这种情况只能试试做个过渡态的优化。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2014-08-10 14:53:05
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