应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！
51/1返回列表
查看: 4841  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuyaci

新虫 (初入文坛)

[求助] 在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！ 已有1人参与

我的序列是通过功能基因的通用引物得到的若干条细菌DNA序列，现在想要上传至NCBI得到登录号。但是在线BankIt上传的过程在Feature一步，很多不会填的，看了NCBI网站中的帮助也没有解决的问题，例如：
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？
2）如何知道自己序列是否包含内含子？
3）如何知道序列的reading frame？在用primer 5.0 将核苷酸翻译为氨基酸时也要求选择reading frame.
4) 如何知道Nucleotide Interval Spans？ 要求填入每条序列的起始和终止碱基位置。
5）如果我选择用上传蛋白质序列的方法的话，我翻译过来的序列总是含有internal stop codons and/or reading frame shifts.，我不清楚是什么原因？
总之，主要问题集中在Feature 那一步，见下图 。
另外，我也用过Sequin软件，里面的氨基酸是自己翻译的，就总会遇到上面问题5. 实在是黔驴技穷了！
  知道自己问题很多，但是我自己已研究很久都未成功，甚是着急啊！跪求高手指教！感激涕零！

在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！
360截图20140809001754875.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-09 00:21:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励交流！ 2014-08-10 22:28:47
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？
这个取决于你的扩增产物是包含完整编码区还是包含部分编码区。
2）如何知道自己序列是否包含内含子？
你扩增的是细菌的序列，细菌基因没有内含子。
3）如何知道序列的reading frame？在用primer 5.0 将核苷酸翻译为氨基酸时也要求选择reading frame.
你的序列如果是包含完整编码区，用ORF FINDER预测就可以知道读码框以及编码区的起始位置；如果不是完整编码区，可以先做个blastx，确定读码框后，用DNAMAN等软件按该框翻译，找到起始密码子或终止密码子或编码区的起止位置。
4) 如何知道Nucleotide Interval Spans？ 要求填入每条序列的起始和终止碱基位置。
选项Is this an introless gene？选择yes，后面的选项就变了，下面的框是让填各内含子起止位点的。
5）如果我选择用上传蛋白质序列的方法的话，我翻译过来的序列总是含有internal stop codons and/or reading frame shifts.，我不清楚是什么原因？
读码框选的不正确时就会出现该提示。因为你只要选了读码框，系统会自动按该框翻译，翻译出的序列与你提交的有差异就会出现该提示。
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-10 11:59:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyaci

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-10 11:59:06
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？
这个取决于你的扩增产物是包含完整编码区还是包含部分编码区。
2）如何知道自己序列是否包含内含子？
你扩增的是细菌的序列，细菌基因没有内含子。
3）如何知道 ...

非常感谢！教会我很多！谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-14 19:25:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hxw110

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyaci at 2014-08-14 19:25:47
非常感谢！教会我很多！谢谢！...

你好！我做的是16S rRNA，请问此前的一步，应该选择rRNA吗？还是CDS ？
赞一下 回复此楼
少年强则国强！
4楼2014-09-26 12:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小尕吴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyaci at 2014-08-14 19:25:47
非常感谢！教会我很多！谢谢！...

我也急等

发自小木虫Android客户端
回复此楼
5楼2015-12-09 23:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuyaci 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +4 石能伟 2026-03-17 4/200 2026-03-23 17:51 by 17862566385
[考研] 350求调剂 +6 weudhdk 2026-03-19 6/300 2026-03-23 15:47 by tangyuan0840221
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +5 vv迷 2026-03-22 5/250 2026-03-23 07:36 by Iveryant
[考研] 323求调剂 +6 洼小桶 2026-03-18 6/300 2026-03-23 00:29 by king123！
[考研] 315分，诚求调剂，材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-21 3/150 2026-03-22 16:54 by i_cooler
[考研] 一志愿中南化学（0703）总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 材料 336 求调剂 +3 An@. 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:39 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭