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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！
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liuyaci

新虫 (初入文坛)

[求助] 在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！ 已有1人参与

我的序列是通过功能基因的通用引物得到的若干条细菌DNA序列，现在想要上传至NCBI得到登录号。但是在线BankIt上传的过程在Feature一步，很多不会填的，看了NCBI网站中的帮助也没有解决的问题，例如：
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？
2）如何知道自己序列是否包含内含子？
3）如何知道序列的reading frame？在用primer 5.0 将核苷酸翻译为氨基酸时也要求选择reading frame.
4) 如何知道Nucleotide Interval Spans？ 要求填入每条序列的起始和终止碱基位置。
5）如果我选择用上传蛋白质序列的方法的话，我翻译过来的序列总是含有internal stop codons and/or reading frame shifts.，我不清楚是什么原因？
总之，主要问题集中在Feature 那一步，见下图 。
另外，我也用过Sequin软件，里面的氨基酸是自己翻译的，就总会遇到上面问题5. 实在是黔驴技穷了！
  知道自己问题很多，但是我自己已研究很久都未成功，甚是着急啊！跪求高手指教！感激涕零！

在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！
360截图20140809001754875.jpg
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1楼 2014-08-09 00:21:45
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励交流！ 2014-08-10 22:28:47
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？
这个取决于你的扩增产物是包含完整编码区还是包含部分编码区。
2）如何知道自己序列是否包含内含子？
你扩增的是细菌的序列，细菌基因没有内含子。
3）如何知道序列的reading frame？在用primer 5.0 将核苷酸翻译为氨基酸时也要求选择reading frame.
你的序列如果是包含完整编码区，用ORF FINDER预测就可以知道读码框以及编码区的起始位置；如果不是完整编码区，可以先做个blastx，确定读码框后，用DNAMAN等软件按该框翻译，找到起始密码子或终止密码子或编码区的起止位置。
4) 如何知道Nucleotide Interval Spans？ 要求填入每条序列的起始和终止碱基位置。
选项Is this an introless gene？选择yes，后面的选项就变了，下面的框是让填各内含子起止位点的。
5）如果我选择用上传蛋白质序列的方法的话，我翻译过来的序列总是含有internal stop codons and/or reading frame shifts.，我不清楚是什么原因？
读码框选的不正确时就会出现该提示。因为你只要选了读码框，系统会自动按该框翻译，翻译出的序列与你提交的有差异就会出现该提示。
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2楼2014-08-10 11:59:06
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liuyaci

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-10 11:59:06
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？
这个取决于你的扩增产物是包含完整编码区还是包含部分编码区。
2）如何知道自己序列是否包含内含子？
你扩增的是细菌的序列，细菌基因没有内含子。
3）如何知道 ...

非常感谢！教会我很多！谢谢！
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3楼2014-08-14 19:25:47
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hxw110

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyaci at 2014-08-14 19:25:47
非常感谢！教会我很多！谢谢！...

你好！我做的是16S rRNA，请问此前的一步，应该选择rRNA吗？还是CDS ？
赞一下 回复此楼
少年强则国强！
4楼2014-09-26 12:17:39
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小尕吴

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuyaci at 2014-08-14 19:25:47
非常感谢！教会我很多！谢谢！...

我也急等

发自小木虫Android客户端
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5楼2015-12-09 23:58:27
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