| 查看: 4840 | 回复: 4 | ||
[求助]
在NCBI上传序列时遇到很多问题，跪求高手指教！ 已有1人参与
|
|
我的序列是通过功能基因的通用引物得到的若干条细菌DNA序列，现在想要上传至NCBI得到登录号。但是在线BankIt上传的过程在Feature一步，很多不会填的，看了NCBI网站中的帮助也没有解决的问题，例如： 1）如何知道自己序列的“coding region spans”？ 2）如何知道自己序列是否包含内含子？ 3）如何知道序列的reading frame？在用primer 5.0 将核苷酸翻译为氨基酸时也要求选择reading frame. 4) 如何知道Nucleotide Interval Spans？ 要求填入每条序列的起始和终止碱基位置。 5）如果我选择用上传蛋白质序列的方法的话，我翻译过来的序列总是含有internal stop codons and/or reading frame shifts.，我不清楚是什么原因？ 总之，主要问题集中在Feature 那一步，见下图 。 另外，我也用过Sequin软件，里面的氨基酸是自己翻译的，就总会遇到上面问题5. 实在是黔驴技穷了！ 知道自己问题很多，但是我自己已研究很久都未成功，甚是着急啊！跪求高手指教！感激涕零！  360截图20140809001754875.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有105人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NCBI 上传序列后 系统也没回复，写信也不回
已经有14人回复
- NCBI上传序列问题
已经有1人回复
- 序列上传NCBI，3个月了，还检索不到！
已经有14人回复
- 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答
已经有5人回复
- 在NCBI里搜索到a基因多条序列，如何确定该基因的序列？
已经有9人回复
- 递交新序列到NCBI遇到的问题求解惑。
已经有4人回复
- NCBI序列比对问题
已经有6人回复
- 求助 测序得到条带NCBI上没有同源序列
已经有8人回复
- 向NCBI上传序列时，如何写信件说明啊
已经有7人回复
- 求助，关于pcr扩增后产物序列在ncbi上的比对，以及3' race接头引物的设计。。
已经有6人回复
- GenBank 上提交新基因的氨基酸序列 一般需要多久才能录进NCBI数据库上
已经有11人回复
- 【求助/交流】求融合基因FIP1L1-PDGFRA在NCBI里基因完整序列的登录号
已经有5人回复
- 菜鸟求助——着急求助解答：在NCBI上为什么下载不了FASTA格式的基因序列
已经有9人回复
- 向NCBI提交序列问题
已经有8人回复
- ncbi上传序列的公开
已经有5人回复
- 【求助/交流】NCBI上注册基因序列，没有ACCESSION NUMEBER是怎么回事？谢谢
已经有6人回复
- 【求助/交流】如果发现上传NCBI序列有问题 要如何申请撤销或修改
已经有5人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
- 【求助/交流】标准菌株16s序列怎么在ncbi中查询
已经有9人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励交流！ 2014-08-10 22:28:47
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励交流！ 2014-08-10 22:28:47
|
1）如何知道自己序列的“coding region spans”？ 这个取决于你的扩增产物是包含完整编码区还是包含部分编码区。 2）如何知道自己序列是否包含内含子？ 你扩增的是细菌的序列，细菌基因没有内含子。 3）如何知道序列的reading frame？在用primer 5.0 将核苷酸翻译为氨基酸时也要求选择reading frame. 你的序列如果是包含完整编码区，用ORF FINDER预测就可以知道读码框以及编码区的起始位置；如果不是完整编码区，可以先做个blastx，确定读码框后，用DNAMAN等软件按该框翻译，找到起始密码子或终止密码子或编码区的起止位置。 4) 如何知道Nucleotide Interval Spans？ 要求填入每条序列的起始和终止碱基位置。 选项Is this an introless gene？选择yes，后面的选项就变了，下面的框是让填各内含子起止位点的。 5）如果我选择用上传蛋白质序列的方法的话，我翻译过来的序列总是含有internal stop codons and/or reading frame shifts.，我不清楚是什么原因？ 读码框选的不正确时就会出现该提示。因为你只要选了读码框，系统会自动按该框翻译，翻译出的序列与你提交的有差异就会出现该提示。 |
2楼2014-08-10 11:59:06
3楼2014-08-14 19:25:47
4楼2014-09-26 12:17:39
5楼2015-12-09 23:58:27
