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分子对接软件Ledock基础教程
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Ledock是最近开发的一个分子对接软件，简单易用。 另外，盒子位置的确定，我们也可以用pymol来做，对帖子http://bioms.org/thread-1226-1-1.html做了更新 |
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2014-07-25 19:02:13, 2.11 M
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 分子对接 |
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方便的话，能否告知一下PDB code，我这边看看是什么问题，有没有好的解决方法。小分子配体在蛋白中的结合构象是否合理不单只跟分辨率有关，跟解结构的化学基础也有很大关系，不少高分辨率结构中的配体是不合理的，参见最近acs med chem lett上的一篇viewpoint。 LeDock整体上而言可以获得90%以上的对接准确率（在多个测试集上测试过），还有5-10%对接结果不理想，主要是跟desolvation有关，这个也是现在分子对接软件的通病，以后会改进的。 如果是金属酶对接的话，最好把金属加上。某些情况下因为desolvation做的还不理想，保留几个水分子做对接也会大大改善对接结果，譬如bromodomain的配体对接。谢谢。 |
9楼2014-08-02 01:10:50
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2楼2014-07-26 21:30:13
3楼2014-07-26 22:33:26
4楼2014-07-28 07:40:02
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lksyb10楼
2014-08-22 11:14
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yangchaoc11楼
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坏猫懒懒13楼
2014-09-17 20:20
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buddykongs14楼
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